真核生物80S核糖體中包含4種沉降系數不同的rRNA，其中，40S核糖體亞基(小亞基)中包含18S rRNA，而60S核糖體亞基(大亞基)中包含5S rRNA、5.8S rRNA和28S rRNA。即真核細胞核糖體中通常含28S、18S、5.8S和5S 四種rRNA;真核細胞中的18S rRNA是16S rRNA的同源RNA，其相對分子質量約為0.7 MDa，長度約為1900 nt。18S rRNA除了比16S rRNA稍長且多一些臂和環結構外，兩者空間結構十分相似，在核糖體中起到的作用也基本相同。所以就酵母而言，鑒定酵母菌株本身是需要進行18s鑒定，之所以酵母中同時出現了真核和原核的rRNA沉降系數，可能是因為該株酵母中含有共生體(線粒體，質體)上海融享生物科技有限公司主營測序包括16s 18S ITS 。湖南真核微生物16S測序
對于 ITS 基因擴增，由于整個 ITS 區域太長，
目前的第二代測序無法對其進行完全測序。因此，
我們捕捉的目的片段目前只針對 ITS1 或 ITS2 區
域，EMP 則是推薦了擴增 ITS1 基因的引物對
ITS1F/ITS2。由于這對引物是在物種中只有一
小部分分子變異已知的情況下設計的，因此在我們
的結果中其覆蓋度并不高。在過去的研究中，這對
引物在擔子菌等部分類群的擴增中有錯配，甚
至不匹配的比例很高，因此當我們允許一個堿
基的錯配時，這對引物對 Unite ITS1 數據庫的覆蓋
度可以提高一倍。 湖北古細菌16S測序機構哪里有上海融享生物科技有限公司主營測序包括 18S 。
由于真核微生物的核糖體 DNA 是由核糖體基
因及與之相鄰的間隔區(ITS)組成，使擴增
ITS1 的正向引物落在 18S 亞基上，擴增 ITS1 的反
向引物和擴增 ITS2 的正向引物落在 5.8S，而擴增
ITS2 的反向引物則是落在 28S 亞基上。然而目前并
沒有一個較為準確完整的數據庫能夠提供從 18S 至
28S 全長序列。因此，我們用 ITSx Extractor 從專門
針對 ITS 序列的數據庫 Unite 中分別篩選出的
ITS1、ITS2 和 ITS 全長序列，并構建了 3 個新的
數據庫。其中，ITS1 數據庫的篩選條件為：包含 ITS1
基因，且 ITS1 基因前、IT1 基因后序列長度>100 bp；
ITS2 數據庫的篩選條件為：包含 ITS2 基因，且 ITS2
基因前、ITS2 基因后序列長度>100 bp；ITS 基因全
長序列數據庫的篩選條件為：序列包含 ITS1 基因，
ITS2 基因、且 ITS1 基因前、ITS1 基因與 ITS2 基
因間隔、ITS2 基因后序列長度>100 bp。
１６ＳｒＲＮＡ 基因序列分析的基本方法可將 ＰＣＲ產物克隆到質粒
載體上進行測序，與１６ＳｒＲＮＡ 數據庫中的序列進行比較。目 前，大量已知 微 生 物 的 ＤＮＡ 都被測定并輸入國際基因數據
庫，成為對微生物鑒定分類非常有用的參照系統，從而可以通
過測定某種未知微生物１６ＳｒＤＮＡ 序列，與基因庫中已有菌株
的１６ＳｒＤＮＡ 序列進行同源對比及分析，即可得出待測菌的菌
屬類別，從而達到對其進行快速、有效的鑒定分類的目的。
Ｂｏｓｓｈａｒｄ等用１６ＳｒＲＮＡ 序列同源 性 大 于 等 于９５％至 大 于
等于９９％ 定 義 同 屬 細 菌，用 大 于 等 于 ９９％ 定 義 同 種 細 菌。 16s 18S ITS 的不同測序會有不同的優勢。
在過去的十幾年中，下一代測序(NGS)技術被
用于探索各種生態系統中微生物群落的多樣
性和組成結構，對研究海洋、土壤、宿主等環境中
的微生物構成有重要的指導作用，同時也是系統發
育和分類學研究中一種使用的方法，特別是應
用于不同的環境宏基因組學樣本中。隨著高通量
測序技術的不斷發展和參考數據庫的不斷更新，利
用核糖體操縱子作為 DNA 標記可以揭示不同生態
系統中的微生物多樣性和組成。采用第二代高通量
測序平臺測定的16S/18S/ITS某個高變區域的序列，
可以反映環境樣品在細菌、、古菌等分類方面
物種之間的差異。然而，針對不同的環境樣本，引
物的選擇和實驗過程仍然需要更細致的驗證。
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擴增子測序是對特定長度的 PCR 產物或捕獲的片段進行測序，分析序列中的變異。16S/18S/ITS 等擴增子測序即通過提取環境樣品的 DNA，選擇合適的通用引物擴增 16S/18S/ITS 的目標區域，通過檢測目標區域的序列變異和豐度，以研究環境微生物多樣性及群落組成差異。 技術優勢： 通量高，適用于大量樣本的特定基因組區域研究； 周期短，可縮短研究周期，加速臨床應用及文章發表； 信息度高，針對感興趣的基因組區域進行遺傳變異位點的尋找，可對特定區域進行深入研究。
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