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西藏二代測序流程

來源: 發布時間:2025-01-18

WES測序

WES測序即全外顯子組測序,是基于二代測序技術的新型基因檢測方法,以下是具體介紹:

原理

人類基因組中*1%-5%的外顯子區域編碼蛋白質,卻包含約85%的致病變異。WES測序通過序列捕獲技術富集外顯子區域DNA,再利用高通量測序技術對其進行測序,***經生物信息學分析和比對,檢測基因突變.

流程

包括DNA片段化和文庫制備、測序和數據分析兩步。先將DNA切割成100-300bp的小片段,以便放入文庫;然后將片段與引物匹配,引物設計靠近外子邊緣以提高捕獲精密度和覆蓋率,經PCR擴增和鏈分析得到測序數據,再對比分析重建原始DNA序列.

優勢

檢測效率高:外子區域占比較小,測序速度快,能更快為患者提供診斷信息.

性價比高:相比全基因組測序,成本較低,且可檢測大量基因突變.

覆蓋度好:可***覆蓋外顯子及醫學相關區域,包括疾病關聯位點和非翻譯區.

變異發現能力強:能發現低頻和罕見突變,為研究復雜疾病和罕見遺傳病提供有力支持. RNA測序也是二代測序。西藏二代測序流程

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二代測序——RNA甲基化的概念、作用和檢測方法RNA甲基化概念及位置:RNA甲基化是在RNA分子上添加甲基基團,其中N6-甲基腺苷(m6A)是最常見的一種RNA甲基化修飾形式,它主要發生在mRNA(信使RNA)的腺嘌呤(A)殘基上。作用1、影響RNA的穩定性:m6A修飾可以影響mRNA的穩定性。例如,一些帶有m6A修飾的mRNA更容易被降解,從而調控基因表達的時間和水平。2、調節RNA的剪接和翻譯:m6A修飾還能夠調節mRNA的剪接過程,影響不同轉錄本的生成。同時,它也可以在翻譯水平上發揮作用,影響蛋白質合成的效率。檢測方法甲基化RNA免疫沉淀測序(MeRIP-Seq):這種方法主要是利用特異性識別m6A修飾的抗體,對RNA進行免疫沉淀富集,然后通過高通量測序來鑒定m6A修飾的位點和水平。江西嘉安健達二代測序應用二代測序即高通量測序技術。

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二代測序—全外顯子測序的局限性不能檢測所有的遺傳變異:它只能檢測外顯子區域的變異,對于非外顯子區域(如內含子、基因間區域)的變異無法檢測,而這些區域的某些變異也可能對基因的表達和功能產生重要影響,如內含子中的突變可能影響基因的剪接。數據分析復雜:全外顯子測序會產生大量的數據,需要復雜的生物信息學工具和方法來進行數據分析。包括數據的質量控制、變異的檢測和注釋、致病性的評估等多個環節,其中任何一個環節出現問題都可能導致錯誤的結論。

WES測序的特點和優勢

針對性強:外顯子是基因中編碼蛋白質的序列,與遺傳特征和疾病密切相關。WES專注于測序這些區域,能高效篩選致病基因變異,可檢測到所有外顯子區域的突變,包括已知的致病突變和可能導致疾病的未知突變。

經濟高效:外顯子區域*占全基因組1%左右,相比全基因組測序,WES測序成本更低、所需的測序深度較低,可以更快速地完成測序過程,減少測序成本和檢測周期。

檢測靈敏度高:能夠一次性檢測大量的基因突變,可檢測到低頻率(1%)的變異,如腫瘤細胞中的體細胞突變,對于單基因遺傳病、復雜疾病和罕見病等的診斷具有較高的靈敏度和準確性。

數據量和分析難度適中:相比于全基因組測序,WES數據量小,分析、存儲相對簡單,加速功能性變異的識別,更易于進行生物信息學分析和臨床解讀。 二代測序使用的是哪種設備?

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二代測序的建庫步驟①樣本準備樣本采集:根據研究目的采**適的樣本,如血液、組織、細胞等。例如,在**研究中,可能會采集**組織和對應的正常組織。對于血液樣本,一般采用靜脈穿刺采集外周血,收集在含有抗凝劑(如EDTA)的**管中,以防止血液凝固。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理,以保持核酸的完整性。如果是新鮮組織,可將其置于液氮中速凍,然后保存在-80℃冰箱中。核酸提取:從樣本中提取高質量的DNA或RNA。對于DNA提取,常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業化的DNA提取試劑盒。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質變性,離心后使DNA處于水相,從而實現分離。試劑盒則是基于吸附柱的原理,DNA在特定的緩沖液條件下吸附在硅膠膜上,經過洗滌和洗脫步驟得到純凈的DNA。RNA提取過程中,需要特別注意防止RNA酶的污染,因為RNA酶***存在且很穩定,容易降解RNA。一般會使用含有RNA酶抑制劑的試劑,如焦碳酸二乙酯(DEPC)處理水來配制試劑,并且操作過程要在無RNA酶的環境中進行,如使用無RNA酶的***頭和離心管。常用的RNA提取方法是Trizol法,Trizol試劑可以同時破碎細胞并使RNA與蛋白質和DNA分離,然后通過氯仿抽提、異丙醇沉淀等步驟得到RNA。宏基因組測序也是二代測序。廣西哪里有二代測序提供

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關于二代測序的簡介:二代測序技術(Next-GenerationSeguencing,NGS)也稱為高通量測序技術,是一種能夠同時對數百萬甚至數十億個DNA片段進行測序的方法。與傳統的桑格測序相比二代測序技術具有高通量、高準確性、高靈敏度和低成本等優勢。二代測序技術在大幅提高了測序速度的同時,大幅度的降低了測序成本,保持了高準確性,以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間,而使用二代測序技術則需要1周,但其序列讀長方面比起一代測序技術則要短很多,大多只100bp-150bp。西藏二代測序流程

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