DNA甲基化(DNA methylation)為DNA化學(xué)修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。所謂DNA甲基化是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下,在基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶5號(hào)碳位共價(jià)鍵結(jié)合一個(gè)甲基基團(tuán)。大量研究表明,DNA甲基化能引起染結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變,從而控制基因表達(dá)。WGBS是基于重亞硫酸鹽的甲基化分析方法,首先通過Bisulfite對(duì)樣本DNA進(jìn)行處理,將未甲基化的C堿基轉(zhuǎn)化為U堿基,而甲基化的C堿基則不會(huì)改變,進(jìn)行PCA擴(kuò)增后U堿基會(huì)變成T,與原本甲基化的C堿基區(qū)分開,再結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù),可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。重亞硫酸鹽測(cè)序可以從單個(gè)堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。江蘇bisulfite甲基化重測(cè)序
DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應(yīng),在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學(xué)性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點(diǎn),它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動(dòng)物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測(cè)服務(wù)-亞硫酸氫鈉處理后測(cè)序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑恚脙梢惶禺愋砸飻U(kuò)增后測(cè)序。測(cè)序法克服了只能針對(duì)單個(gè)位點(diǎn)檢測(cè),并且這些位點(diǎn)必須是限制性內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)的缺點(diǎn),可以對(duì)任何基因序列的甲基化狀態(tài)進(jìn)行檢測(cè)。蘇州目標(biāo)甲基化重測(cè)序怎么解決DNA甲基化是指針對(duì)DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。
DNA甲基化即在DNA上增加甲基基團(tuán),是使基因的轉(zhuǎn)錄抑制或沉默的主要方式。該修飾特異性地發(fā)生在CpG位點(diǎn),胞嘧啶通過磷酸鹽與鳥苷酸連接(圖1)。甲基基團(tuán)的插入改變了DNA的表觀和結(jié)構(gòu),可能會(huì)直接阻礙DNA的識(shí)別及與轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合,或者吸引其他因子優(yōu)先與DNA結(jié)合,干擾轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合。目前已鑒定了三個(gè)與甲基化DNA結(jié)合的蛋白家族,包括MBD蛋白、Kaiso和Kaiso樣蛋白、以及SRA蛋白。通過招募這些蛋白,DNA甲基化可促進(jìn)某些組蛋白狀態(tài)的維持,如去乙酰作用,從而保持轉(zhuǎn)錄后的組蛋白修飾。例如,MBD家族的甲基CpG結(jié)合蛋白2(MeCP2)與甲基CpG結(jié)合,招募HDACs,可促使染色體濃縮和轉(zhuǎn)錄抑制。
WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測(cè)序,利用重亞硫酸氫鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,然后通過PCR將U變?yōu)锳,*有甲基化的C可以成功保留,***通過測(cè)序就可判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。特點(diǎn)是精確度高、重復(fù)性好,檢測(cè)范圍廣,可以覆蓋全基因組范圍內(nèi)的每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài);但需要的數(shù)據(jù)量比較大,成本較高。上海翼和生物是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。DNA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯(cuò)配修復(fù)以及轉(zhuǎn)座子的失活等過程中對(duì)維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。
目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測(cè)序、全基因組甲基化芯片等工作基礎(chǔ)上,或者依據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道目的基因甲基化與性狀/疾病關(guān)聯(lián),選擇感興趣的目的區(qū)間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術(shù)對(duì)大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進(jìn)行檢測(cè)。Hi-MethylSeq技術(shù)通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴(kuò)增目的片段,添加barcode和測(cè)序通用接頭,在Illumina X10二代測(cè)序平臺(tái)對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,利用生物信息學(xué)方法,精確定量計(jì)算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點(diǎn)的甲基化狀態(tài),在完成目標(biāo)區(qū)域檢測(cè)的同時(shí)大幅降低研究費(fèi)用。上海翼和生物甲基化測(cè)序采用的是重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序法,重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標(biāo)方法。全基因組甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)
DNA甲基化主要發(fā)生在CpG位點(diǎn)。在哺乳動(dòng)物中,70%到80%的CpG位點(diǎn)的胞嘧啶是甲基化的。江蘇bisulfite甲基化重測(cè)序
DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制在許多關(guān)鍵的生物學(xué)過程如發(fā)育及疾病的進(jìn)展中扮演著重要的作用,相對(duì)于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測(cè)手段,全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術(shù)可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測(cè)序文庫構(gòu)建方法相結(jié)合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對(duì)來自更多樣本基因組中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點(diǎn),還能夠配合靶向技術(shù)檢測(cè)低頻甲基化信號(hào),已成為目前在業(yè)界受到普遍關(guān)注的一種主流方法。江蘇bisulfite甲基化重測(cè)序
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是一家第三方檢測(cè)服務(wù);生物專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù);健康衰老評(píng)估;大健康檢測(cè);遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測(cè)技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細(xì)胞點(diǎn)突變檢測(cè);細(xì)胞端粒長度和端粒酶活性檢測(cè)。的公司,是一家集研發(fā)、設(shè)計(jì)、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。公司自創(chuàng)立以來,投身于細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù),是醫(yī)藥健康的主力軍。翼和生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。翼和生物始終關(guān)注自身,在風(fēng)云變化的時(shí)代,對(duì)自身的建設(shè)毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使翼和生物在行業(yè)的從容而自信。