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同源序列SNP分型準(zhǔn)確度高

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-02-15

上機(jī)測(cè)序后,每個(gè)樣本同一個(gè)SNP位置可以讀到數(shù)十或數(shù)百條reads(具體取決于測(cè)序通量),并且能夠清晰看到每條序列的具體信息,通過(guò)對(duì)SNP位點(diǎn)的聚類分析,實(shí)現(xiàn)位點(diǎn)基因型的判斷。大規(guī)模樣本中二等位基因reads比分布結(jié)果,每一個(gè)點(diǎn)**一個(gè)樣本一個(gè)SNP位點(diǎn)的聚類結(jié)果,兩端表示純和,中間表示雜合(理想情況,1/0表示純和,0.5表示雜合)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司上海翼和**團(tuán)隊(duì)富有開(kāi)創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價(jià)比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。微信公眾號(hào):上海翼和生物現(xiàn)階段,異源多倍體物種的全基因組重測(cè)序已經(jīng)可以通過(guò)各式各樣的生信算法,SNP的質(zhì)量也越來(lái)越好了。同源序列SNP分型準(zhǔn)確度高

RFLP法的優(yōu)點(diǎn)是分型技術(shù)簡(jiǎn)單,結(jié)果判斷容易,不需要昂貴的設(shè)備,成本低,并且實(shí)驗(yàn)人員培訓(xùn)簡(jiǎn)單。但是通過(guò)SNP能夠?qū)е翿FLP的概率低,很多SNP位點(diǎn)不能采用這種方法進(jìn)行檢測(cè),而且有的限制性酶價(jià)格昂貴并且不容易買(mǎi)到。通常酶切的條件較高,容易出現(xiàn)假陽(yáng)性結(jié)果,且工作量大,耗時(shí)長(zhǎng),通量低。這是早期的一種SNP分型技術(shù),在通量和效率上難以滿足批量分型需求,因此這種技術(shù)目前只在個(gè)別實(shí)驗(yàn)室中還在使用中。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司河南高同源序列SNP分型送樣要求我們?cè)赟NP分型時(shí)需要的時(shí)等為同源序列變異SNPs。

目前市場(chǎng)上有多個(gè)廠家提供HRM分析的儀器,包括Idaho Technology、Corbett(QIAGEN)、Roche等,有些是**HRM的儀器,有些則是附帶HRM功能的定量PCR儀。HRM的發(fā)明者—美國(guó)猶他大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Wittwer實(shí)驗(yàn)室曾評(píng)估了市場(chǎng)上多臺(tái)儀器在基因分型和突變掃描上的性能1。他們發(fā)現(xiàn),對(duì)于大部分儀器的準(zhǔn)確基因分型來(lái)說(shuō),主要限制在于平板上的空間溫度差異(Tm的標(biāo)準(zhǔn)偏差為0.020-0.264°C)。其它差異如數(shù)據(jù)密度、信噪比和熔解速率,也會(huì)影響雜合體的掃描。經(jīng)過(guò)比較發(fā)現(xiàn),空氣加熱型儀器以及樣品溫度單獨(dú)控制的儀器有著更低的Tm標(biāo)準(zhǔn)偏差(0.018-0.065),而加熱塊型儀器則在0.092-0.274。

TaqMan熒光探針?lè)▋?yōu)點(diǎn)是操作簡(jiǎn)單,準(zhǔn)確性高(閉管進(jìn)行,減少污染),判讀也很方便,認(rèn)可度高;適合多樣本,少位點(diǎn)。但是其也有不可忽視的限制性,如探針合成耗時(shí)較長(zhǎng),價(jià)格昂貴,為了保證探針的穩(wěn)定質(zhì)量,一般大家會(huì)選擇A公司合成。TaqMan熒光探針?lè)ㄒ话銥橹挥袔讉€(gè)位點(diǎn)時(shí)適用,并且對(duì)樣本的質(zhì)量要求較高,除了樣本無(wú)降解外,要需要濃度盡可能的一致。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司,地址:上海市松江區(qū)龍騰路1015弄中星創(chuàng)意園2號(hào)502多態(tài)性是一個(gè)群體概念,多態(tài)性指這個(gè)差異占群體的1%以上。否則就叫突變(小于1%)。

TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針,熒光基團(tuán)連接在探針的5’末端,而淬滅劑則在3’末端。在PCR反應(yīng)體系中加入2種不同熒光標(biāo)記的探針,它們可以分別與2個(gè)等位基因完全配對(duì)。正常情況下,由于探針5’端熒光基團(tuán)和3’端淬滅基團(tuán)緊鄰在一起,熒光被淬滅。隨著PCR有效的進(jìn)行,與模板完全配對(duì)的探針逐步被TaqDNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割,致使探針5’端熒光基團(tuán)和3’端淬滅基團(tuán)分離,淬滅效應(yīng)解除,報(bào)告熒光基團(tuán)被***,檢測(cè)到熒光信號(hào),相反,如果模板不能完全配對(duì)的探針(**另一種等位基因)不能被有效切割,因此檢測(cè)不到熒光信號(hào),從而實(shí)現(xiàn)SNP位點(diǎn)的分型檢測(cè)。SNP在基礎(chǔ)研究領(lǐng)域發(fā)揮著巨大作用。天津高同源SNP分型

翼和生物自主研發(fā)多重長(zhǎng)片段巢式PCR技術(shù),解決高同源區(qū)段SNP分型難題。同源序列SNP分型準(zhǔn)確度高

連接酶檢測(cè)反應(yīng)(LigaseDetectionReaction,LDR)是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對(duì)基因多態(tài)性位點(diǎn)的識(shí)別,高溫連接酶一旦檢測(cè)到DNA與互補(bǔ)的兩條寡聚核苷酸接頭對(duì)應(yīng)處存在著基因點(diǎn)突變類型的堿基錯(cuò)配,連接反應(yīng)就不能進(jìn)行。該方法,對(duì)SNP位點(diǎn)同時(shí)設(shè)計(jì)兩條有長(zhǎng)度差異的探針,當(dāng)探針末端與模板有一個(gè)堿基不配對(duì),所以連接反應(yīng)不能進(jìn)行,沒(méi)有連接產(chǎn)物;相反,若探針與模板DNA完全互補(bǔ),故進(jìn)行連接反應(yīng),通過(guò)溫控循環(huán),該特異性連接反應(yīng)可反復(fù)進(jìn)行,達(dá)到線性擴(kuò)增的效果。,后通過(guò)熒光掃描片段長(zhǎng)度,實(shí)現(xiàn)對(duì)SNP位點(diǎn)的檢測(cè)。同源序列SNP分型準(zhǔn)確度高

上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是一家第三方檢測(cè)服務(wù);生物專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù);健康衰老評(píng)估;大健康檢測(cè);遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測(cè)技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細(xì)胞點(diǎn)突變檢測(cè);細(xì)胞端粒長(zhǎng)度和端粒酶活性檢測(cè)。的公司,是一家集研發(fā)、設(shè)計(jì)、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。翼和生物深耕行業(yè)多年,始終以客戶的需求為向?qū)В瑸榭蛻籼峁?**的細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù)。翼和生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長(zhǎng),又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。翼和生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場(chǎng)需求,提高產(chǎn)品價(jià)值,是我們前行的力量。

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