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蘇州全基因組甲基化重測(cè)序報(bào)告

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-10-21

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)修飾的主要形式,甲基化模式的異常促進(jìn)細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化,參與tumour演進(jìn)。許多基因具有tumour特異性的甲基化表型,一方面基因組普遍的低甲基化引起原cancer基因活化,基因組不穩(wěn)定性增加;另一方面啟動(dòng)子區(qū)的高甲基化,引起抑cancer基因及錯(cuò)配修復(fù)基因表達(dá)沉默,導(dǎo)致tumour的發(fā)生。研究表明,基因組的低甲基化隨著細(xì)胞惡性度的增加而愈加明顯,是病情診斷的重要指標(biāo);此外,CpG島局部的高甲基化發(fā)生于細(xì)胞惡變之前,能在早期預(yù)測(cè)tumour的發(fā)生,其也能有效地預(yù)測(cè)tumour的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移,在tumour的鑒別診斷中亦發(fā)揮重要作用。因此,檢測(cè)tumour發(fā)生中相關(guān)基因的甲基化模式具有重要意義,現(xiàn)就近年來(lái)中外文獻(xiàn)報(bào)道的甲基化檢測(cè)方法進(jìn)行簡(jiǎn)要的分析總結(jié)。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。蘇州全基因組甲基化重測(cè)序報(bào)告

DNA甲基化主要發(fā)生在啟動(dòng)子區(qū)CPG島,在調(diào)節(jié)基因表達(dá)和其他功能方面起著關(guān)鍵作用.異常的DNA甲基化可參與調(diào)控疾病相關(guān)的分子信號(hào)通路,從而影響其正常功能。DNA甲基化在生物個(gè)體的生長(zhǎng)發(fā)育與繁殖過(guò)程中,維持遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性是至關(guān)重要的。細(xì)胞采用多種機(jī)制來(lái)保證DNA復(fù)制的忠實(shí)性,如DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)與半保留復(fù)制模式為遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定提供了物質(zhì)基礎(chǔ);DNA聚合酶Ⅲ除了具有DNA聚合酶活性外還具有5’到3’的核酸外切酶活性,可及時(shí)去除錯(cuò)配摻人的堿基;DNA復(fù)制后存在多種修復(fù)機(jī)制進(jìn)一步保證了遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性。DNA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯(cuò)配修復(fù)、細(xì)菌中寄主控制的修飾與限制以及轉(zhuǎn)座子的失活等過(guò)程中對(duì)維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序送樣要求重亞硫酸鹽測(cè)序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測(cè)序(NGS)的結(jié)合。

DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制在許多關(guān)鍵的生物學(xué)過(guò)程如發(fā)育及疾病的進(jìn)展中扮演著重要的作用,相對(duì)于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測(cè)手段,全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術(shù)可通過(guò)將高效的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建方法相結(jié)合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對(duì)來(lái)自更多樣本基因組中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點(diǎn),還能夠配合靶向技術(shù)檢測(cè)低頻甲基化信號(hào),已成為目前在業(yè)界受到普遍關(guān)注的一種主流方法。

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的重要內(nèi)容。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對(duì)于維持正常細(xì)胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關(guān)重要的作用。甲基化研究成為表觀遺傳學(xué)的熱點(diǎn),相應(yīng)的技術(shù)也是層出不窮,根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康牡牟煌@些技術(shù)大體能夠分成兩類:全基因組甲基化檢測(cè)技術(shù)以及特異性位點(diǎn)甲基化檢測(cè)技術(shù)。翼和特色內(nèi)容目標(biāo)區(qū)域甲基化測(cè)序自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)超高重PCR為基礎(chǔ),目標(biāo)甲基化區(qū)段特異性捕獲,更具針對(duì)性,經(jīng)濟(jì)型基于二代測(cè)序,可以獲得目標(biāo)區(qū)域內(nèi)所有C的甲基化數(shù)據(jù)~500X的測(cè)序深度,精確計(jì)算每個(gè)位點(diǎn)C的甲基化程度通量高,可同時(shí)對(duì)成百上千個(gè)區(qū)域進(jìn)行甲基化程度分析適用于大樣本多區(qū)域的DNA甲基化水平檢測(cè)Q30>80%檢出率90%以上,90%以上測(cè)序片段測(cè)序深度>10X。DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。

WGBS能為基因組DNA甲基化時(shí)空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)支持,能廣泛應(yīng)用在個(gè)體發(fā)育、衰老和疾病等生命過(guò)程的機(jī)制研究中,也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)先方法。常規(guī)全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過(guò)T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列,連接產(chǎn)物通過(guò)重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏,進(jìn)而通過(guò)接頭序列介導(dǎo)的 PCR 技術(shù)將尿嘧啶U轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏。上海翼和是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,上海市****,至今已有十六年的歷史。Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù),可實(shí)現(xiàn)多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析。浙江bisulfite甲基化重測(cè)序哪個(gè)公司做

全基因組DNA甲基化測(cè)序是用 Bisulfite 處理DNA序列。蘇州全基因組甲基化重測(cè)序報(bào)告

DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。為外遺傳編碼(epigenetic code)的一部分,是一種外遺傳機(jī)制。DNA甲基化過(guò)程會(huì)使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶環(huán)的5'碳上:這種5'方向的DNA甲基化方式可見(jiàn)於所有脊椎動(dòng)物。在人類細(xì)胞內(nèi),大約有1%的DNA堿基受到了甲基化。在成熟體細(xì)胞組織中,DNA甲基化一般發(fā)生於CpG雙核苷酸(CpG dinucleotide)部位;而非CpG甲基化則於胚胎干細(xì)胞中較為常見(jiàn)。植物體內(nèi)胞嘧啶的甲基化則可分為對(duì)稱的CpG(或CpNpG),或是不對(duì)稱的CpNpNp形式(C與G是堿基;p是磷酸根;N指的是任意的核苷酸)。特定胞嘧碇受甲基化的情形,可利用亞硫酸鹽定序(bisulfite sequencing)方式測(cè)定。DNA甲基化可能使基因沉默化,進(jìn)而使其失去功能。此外,也有一些生物體內(nèi)不存在DNA甲基化作用。蘇州全基因組甲基化重測(cè)序報(bào)告

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