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南京CPG島甲基化重測序報告

來源: 發布時間:2021-10-21

DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島,由甲基化轉移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉移給胞嘧啶。其中,5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個非常重要的表觀遺傳學修飾事件,該事件能夠調控基因活性,并影響著如細胞分化、轉錄調控和染色質重塑等生物學過程。重亞硫酸鹽測序可以從單個堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先,利用重煙硫酸鹽對基因組DNA進行處理,將未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發生了甲基化的胞嘧啶未發生脫氨基,因而,可以基于此將經重亞硫酸鹽處理的和未處理的測序樣本進行比較來發現甲基化的位點。在基因組的某些區域中,通常位于基因的啟動子區,CpG 序列密度很高,可以達均值的5 倍以上。南京CPG島甲基化重測序報告

全基因組重亞硫酸鹽測序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)用于全基因組DNA甲基化檢測:表觀遺傳學研究已經證實了特定基因區域的DNA甲基化修飾對于染色體構象、基因表達調控機制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究是表觀基因組學關注的重要內容。Bisulfite處理能夠將基因組中未發生甲基化的C堿基轉換成U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有甲基化修飾的C堿基區分開來,再結合高通量測序技術,可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。安徽目標位點甲基化重測序哪個公司做亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變。

DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學調控機制在許多關鍵的生物學過程如發育及疾病的進展中扮演著重要的作用,相對于基于PCR、芯片等傳統檢測手段,全基因組亞硫酸氫鹽測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉化與高通量測序文庫構建方法相結合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對來自更多樣本基因組中的甲基化位點進行準確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點,還能夠配合靶向技術檢測低頻甲基化信號,已成為目前在業界受到普遍關注的一種主流方法。

DNA甲基化即在DNA上增加甲基基團,是使基因的轉錄抑制或沉默的主要方式。該修飾特異性地發生在CpG位點,胞嘧啶通過磷酸鹽與鳥苷酸連接(圖1)。甲基基團的插入改變了DNA的表觀和結構,可能會直接阻礙DNA的識別及與轉錄因子的結合,或者吸引其他因子優先與DNA結合,干擾轉錄因子的結合。目前已鑒定了三個與甲基化DNA結合的蛋白家族,包括MBD蛋白、Kaiso和Kaiso樣蛋白、以及SRA蛋白。通過招募這些蛋白,DNA甲基化可促進某些組蛋白狀態的維持,如去乙酰作用,從而保持轉錄后的組蛋白修飾。例如,MBD家族的甲基CpG結合蛋白2(MeCP2)與甲基CpG結合,招募HDACs,可促使染色體濃縮和轉錄抑制。表觀遺傳屬于一種可以對環境產生應答和改變的遺傳機制。

真核生物基因表達受多種機制、多層面的綜合調控。基因的DNA序列不發生改變的情況下,基因的表達水平與功能發生改變,并可遺傳現象,稱為表觀遺傳(epigenetic)現象。DNA甲基化是指在甲基轉移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區,DNA高度甲基化首先會影響DNA結構,進而阻遏基因轉錄,引起基因沉默。人體內,DNA甲基轉移酶主要有四種:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA復制完成后,DNMT1是催化甲基轉移至新合成的DNA鏈上,這一現象稱為維持甲基化;DNMT3A和DNMT3B負責催化核酸鏈上新的甲基化位點發生反應,成為形成甲基化;DNMT3L不具有甲級轉移酶活性,其主要作用是調節其他甲基轉移酶的活性。真核細胞內甲基化狀態有3種:持續的低甲基化狀態(如持家基因的甲基化)、誘導的去甲基化狀態(如一些發育階段特異性基因的修飾)和高度甲基化狀態(如人類女性細胞內縊縮-失活的X染色體的甲基化)。亞硫酸氫鹽處理能夠將基因組中未發生甲基化的C堿基轉換成U,進行PCR擴增后變成T。浙江目標位點甲基化重測序機構

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序.南京CPG島甲基化重測序報告

DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳學標記,在調控基因表達、細胞的分化與發育等過程中發揮著關鍵作用。使用基于重亞硫酸氫鹽測序的方法進行DNA甲基化評估:首先用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA可將未甲基化胞嘧啶轉化為尿嘧啶(黃色字母),而甲基化胞嘧啶保留為胞嘧啶(白色字母);然后進行兩輪PCR:first輪PCR分別放大每個樣本的每個區域,并添加8個隨機核苷酸(N8)用于重復數據消除和適配體序列;在匯集每個生物樣本的擴增子后,第二輪PCR完成帶有樣本barcode的序列庫,用于多樣本NGS測序。南京CPG島甲基化重測序報告

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