亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化是分析胞嘧啶甲基化效果比較好的工具之一。該方法基于亞硫酸氫鈉對 DNA 的處理,確定其甲基化模式。重亞硫酸鹽測序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測序(NGS)的結(jié)合。甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)是亞硫酸氫鹽測序法:用亞硫酸氫鹽處理DNA,未發(fā)生甲基化的胞嘧啶能夠被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶則保持不變,通過后續(xù)的測序即可檢測。利用亞硫酸氫鹽的這種原理,可以衍生出多種甲基化檢測方法,如甲基化特異性的PCR和高分辨率熔解曲線法。5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC)是一種常見的DNA修飾類型,能調(diào)節(jié)基因表達(dá)、轉(zhuǎn)座子及染色體的狀態(tài)等。廣州多重PCR技術(shù)甲基化重測序機構(gòu)
全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發(fā)生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學(xué)會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。安徽目標(biāo)區(qū)間甲基化重測序哪個公司做WGBS的流程與全基因組DNA測序主要區(qū)別于DNA文庫的構(gòu)建。
DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu),進(jìn)而阻遏基因轉(zhuǎn)錄,引起基因沉默。DNA甲基化為非編碼區(qū)(如內(nèi)含子等)的長期沉默提供了一種有效的抑制機制。基因啟動區(qū)域內(nèi)CpG位點的甲基化通過三種方式影響基因轉(zhuǎn)錄活性:DNA序列甲基化直接阻礙轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合;甲基CpG結(jié)合蛋白結(jié)合到甲基化CpG位點與其他轉(zhuǎn)錄抑制因子相互作用;染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的凝集阻礙了轉(zhuǎn)錄因子與其調(diào)控序列的結(jié)合。
DNA去甲基化分為兩類:主動去甲基化(Active DNA Demethylation)和被動去甲基化(Passive DNA Demethylation)。基因組甲基化模式的形成主要依賴于主動去甲基化,主要涉及一類具有DNA去甲基化功能的蛋白,可能存在的五種機制a. DNA轉(zhuǎn)葡糖基酶參與的堿基切除修復(fù)(base excision repair;BER):5-mC 由DNA 轉(zhuǎn)葡糖基酶直接去除。此途徑主要存在于植物體內(nèi),動物體內(nèi)也可能存在。b.脫氨酶參與的堿基切除修復(fù):5-mC 脫氨變成胸腺嘧啶T,形成G/T 錯配,進(jìn)入BER 途徑。這一途徑主要存在于動物體中,植物體中也可能存在。c.核苷酸外切修復(fù)機制(nucleotide excision repair;NER):直接移除甲基化的CpG 二核苷酸。d.氧化去甲基化:發(fā)生氧化反應(yīng)打開碳-碳鍵,直接去除甲基基團。e.水解去甲基化:水解胞嘧啶的甲基基團,使其以甲醇的形式被釋放。DNA被動去甲基化是指當(dāng)DNMTs活性被抑制或濃度過低時,無法維持原有的甲基化狀態(tài),使DNA甲基化程度降低的過程,這類去甲基化通常發(fā)生在細(xì)胞復(fù)制的兩個周期之間,涉及到某些可與DNMTs結(jié)合的因子,其結(jié)合后形成的復(fù)合物可以阻止DNMTs與DNA的結(jié)合。表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構(gòu)象、基因表達(dá)調(diào)控機制有著重要影響。
DNA甲基化過程在一些生物學(xué)現(xiàn)象中起重要作用。例如,在原核生物中,它參與毒力、細(xì)胞周期調(diào)控、基因表達(dá)和對外源 DNA 導(dǎo)入的保護(hù)(DNA-宿主特異性)等過程。在高等真核生物中,DNA 甲基化參與調(diào)控染色體穩(wěn)定性、印記、X 染色體失活和cancer 變等多個細(xì)胞過程。在哺乳動物中,DNA 甲基化主要發(fā)生在胞嘧啶堿基的第五個碳原子上,形成 5-甲基胞嘧啶或 5-甲基胞嘧啶核苷 (5-mC)。DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上,是一個關(guān)鍵的表觀遺傳標(biāo)記和基因表達(dá)調(diào)控因子。基因啟動子或 CpG 島處的甲基化 CpG 簇與基因失活有關(guān)。DNA 甲基化由一個被稱為 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶并包括 DNMT1、DNMT3a 和 DNMT3b 的酶家族催化。DNMT3a 和 DNMT3b是從頭合成的甲基轉(zhuǎn)移酶,能夠甲基化之前未甲基化的 CpG二核苷酸。相反,DNMT1是一種維持性甲基轉(zhuǎn)移酶,在復(fù)制過程中修飾半甲基化的 DNA。目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序。廣州多重PCR技術(shù)甲基化重測序哪里好
DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?'甲基胞嘧啶。廣州多重PCR技術(shù)甲基化重測序機構(gòu)
全基因組重亞硫酸鹽甲基化測序(WGBS)可以在全基因組范圍內(nèi)精確的檢測所有單個胞嘧啶堿基(C堿基)的甲基化水平,是DNA甲基化研究的金標(biāo)準(zhǔn)。WGBS能為基因組DNA甲基化修飾的研究提供重要技術(shù)支持,能廣泛應(yīng)用在個體發(fā)育、衰老和cancer發(fā)生等生命過程的機制研究中。其原理是用 Bisulfite 處理DNA序列,首先將基因組中未發(fā)生甲基化的 C 堿基轉(zhuǎn)換成U(T),從而與原本具有甲基化修飾的堿基C區(qū)分開來,然后進(jìn)行PCR擴增,結(jié)合高通量測序技術(shù),適用于全基因組范圍內(nèi)繪制單堿基分辨率的DNA 甲基化圖譜。廣州多重PCR技術(shù)甲基化重測序機構(gòu)
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務(wù)型公司。公司自成立以來,以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個細(xì)節(jié),公司旗下細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù)深受客戶的喜愛。公司注重以質(zhì)量為中心,以服務(wù)為理念,秉持誠信為本的理念,打造醫(yī)藥健康良好品牌。翼和生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實”的經(jīng)營理念,全力打造公司的重點競爭力。