亞硫酸氫鹽測序法用亞硫酸氫鈉對 DNA 進行化學處理會使甲基化特異性序列變異,從而可以通過NGS進行定位和量化,主要的DNA甲基化數據分析流程:獲得DNA甲基化數據之后,首先,需要對數據進行處理和質量的基本控制,包括原始測序和芯片數據的讀取、轉換到產生準確的DNA甲基化圖譜;其次,需要對DNA甲基化位點的結果進行可視化,并且利用統計學方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點;第三,驗證 DNA 甲基化差異位點,并且對其進行生物學解釋。全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。成都目標區段甲基化重測序公司
全基因組重亞硫酸鹽甲基化測序(WGBS)可以在全基因組范圍內精確的檢測所有單個胞嘧啶堿基(C堿基)的甲基化水平,是DNA甲基化研究的金標準。WGBS能為基因組DNA甲基化修飾的研究提供重要技術支持,能廣泛應用在個體發育、衰老和cancer發生等生命過程的機制研究中。其原理是用 Bisulfite 處理DNA序列,首先將基因組中未發生甲基化的 C 堿基轉換成U(T),從而與原本具有甲基化修飾的堿基C區分開來,然后進行PCR擴增,結合高通量測序技術,適用于全基因組范圍內繪制單堿基分辨率的DNA 甲基化圖譜。成都多重PCR技術甲基化重測序機構目標區域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序。
目標區域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎上,或者依據文獻報道目的基因甲基化與性狀/疾病關聯,選擇感興趣的目的區間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術對大規模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。Hi-MethylSeq技術通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。
Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產權的多重PCR捕獲技術,確保目的片段有效富集,經亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復雜度嚴重降低,嚴格控制建庫PCR的循環數,降低非特異性擴增,通過將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測序reads比對到轉換后的參考序列上,針對每一個CpG位點,統計C和T堿基的讀數(類似于SNP calling),來判斷該位點的甲基化。重亞硫酸氫鈉測序法(Bisulfite sequencing,BS-Seq)被認為是5mC鑒定的金標準。
DNA甲基化是DNA化學修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現。DNA甲基化是指在甲基轉移酶的催化下,DNA的CG兩個核苷酸中的胞嘧啶被選擇性地添加甲基基團的化學修飾現象,極常見的是在胞嘧啶的5號碳位置,在酶和底物的作用下,引入一個甲基基團,變成了5甲基胞嘧啶(5mC),從而改變了它的活性。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發育以及人類tumour發生,起著至關重要的作用。上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用PCR擴增目的片段,并結合二代測序平臺(illumina等主流測序平臺)并對PCR產物進行測序,本方案目標區域甲基化測序服務Hi-MethylSeq,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。蘇州bisulfite甲基化重測序哪里好
上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭。成都目標區段甲基化重測序公司
DNA 甲基化是早發現的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA 甲基化能關閉某些基因的活性,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化,而真核生物中甲基化發生于胞嘧啶。DNA 的甲基化是在DNA 甲基化轉移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉變為5'甲基胞嘧啶。這種DNA 修飾方式并沒有改變基因序列,但是它調控了基因的表達。成都目標區段甲基化重測序公司
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