SNP基因分型技術原理是PCR擴增含有SNP的基因組片段,主要特點是準確性高、靈活性強、通量大,主要方法是TaqMan探針法。首先通過PCR擴增含有SNP的基因組片段,然后通過序列特異性引物實現單堿基延伸,隨后樣品分析物與芯片基質共結晶后在真空管中受瞬時納秒 (10-9s) 強激光激發。核酸分子因此解吸附成為單電荷離子,由于電場中離子飛行時間與離子質量成反比,通過檢測核酸分子在真空管中的飛行時間而獲得樣品分析物的精確分子量,從而檢測出SNP位點信息。SNP在基礎研究領域發揮著巨大作用。上海高同源區段分型
Hi-SNP 結合多重 PCR 技術和高通量測序技術,對需要檢測的位點設計特異性引物,在單管內進行多重 PCR 擴增,不同的樣本以不同的 Barcode 引物區分。混合樣本后,在 Ion Proton/illumina 主流測序平臺上, 對擴增子進行高通量測序。測序結果使用生物信息學方法,區分不同的樣本,**終獲得每個位點的 SNP 信 息。高通量測序能一次對幾百萬條 DNA 分子進行序列測定,相比其他的 SNP 檢測技術,基于高通量測序的 SNP 分型具有更準確、更靈敏的特點。上海翼和生物。北京高同源區段SNP分型哪里做.高同源區段在多倍體物種中,又細分為橫向同源和部分同源。
RFLP法的優點是分型技術簡單,結果判斷容易,不需要昂貴的設備,成本低,并且實驗人員培訓簡單。但是通過SNP能夠導致RFLP的概率低,很多SNP位點不能采用這種方法進行檢測,而且有的限制性酶價格昂貴并且不容易買到。通常酶切的條件較高,容易出現假陽性結果,且工作量大,耗時長,通量低。這是早期的一種SNP分型技術,在通量和效率上難以滿足批量分型需求,因此這種技術目前只在個別實驗室中還在使用中。上海翼和應用生物技術有限公司
常見的SNP既可以出現在基因編碼區,也可以出現在非編碼區,雖然發生在編碼區的概率相對較小,但會影響基因的功能,導致生物性狀改變,在遺傳性疾病的研究中具有非常重要的意義。SNP作為第三代遺傳標記,其分布密度高,遍布于整個動物和人類基因組中;與功能基因具有高度關聯性;突變率低,遺傳穩定性強;檢測通量高便于自動化分析。某些SNP位點并不直接與疾病基因的表達相關聯,但因為它與某些致病基因相鄰,所以成為重要的遺傳標記。高同源序列帶來的直接挑戰:同源序列的干擾,無法利用簡單PCR技術或者探針雜交捕獲技術,將目標區段富集。
上海翼和生物基于自主知識產權的多重PCR捕獲技術,結合特色的生信分析方法,開發了基于多重PCR的多倍體擴增子測序SNP分型,**提高了SNP分型的準確度。二代測序得到單分子序列信息,通過特色生信分析方法,對混合結果進行有效拆分,準確地將測序reads比對到亞基因組,拆分亞基因組同原序列,排除PSV和HSV的干擾,從而對多倍體物種進行SNP精細分型。應用方向農口:全基因組SNP基因型分析;QTL定位及基因定位;發現優良等位變異;開發功能標記;定制育種Panel;分子標記輔助選擇育種;遺傳材料前景及背景選擇;全基因組選擇;親緣關系鑒定、DNA指紋圖譜、品種鑒定;遺傳多樣性評價;群體遺傳結構分析。目前在nature genetics和cell這樣的雜志,也不乏SNP的文章。上海同源SNP分型哪個公司做
理論上講,SNP既可能是二等位多態性,也可能是3個或4個等位多態性。上海高同源區段分型
在研究親緣關系較遠的物種時,物種分化和基因重復的嵌套發生使研究具有很大的復雜性和困難度。這時,籠統的劃分直系同源和旁系同源關系并不足以解決問題,我們需要一個更為精確的分類。為了區別于B1和C1的簡單的直向同源關系,把B2和C2/C3的同源稱為“共生直向同源”co—ortholog)或“橫向同源基因家族譜系特異性擴充”(1ineage—specificexpansionofparalogousfamily)。為了區分C2和C3、B1和C2/C3這兩種同源關系,可以根據物種分化和基因重復的發生的先后次序,把旁系同源基因又分為內旁系同源基因(inparalog)和外旁系同源基因(outparalog)。在物種分化之后產生旁系同源基因的稱“內旁系同源基因”;在物種分化之前產生橫旁系同源基因的稱“外旁系同源基因”。“內旁系同源基因”和“外旁系同源基因”只是一種相對的劃分,取決于所研究的系統和選作標準的某特定分化事件。若以第二次物種分化為準線,則C2和C3的分離發生在物種分化之后,因此它們互為內旁系同源基因;B1和C2/C3的分離發生在物種分化之前,因此B1和C2/C3互為外旁系同源基因。上海高同源區段分型
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