亞硫酸氫鈉修飾后測(cè)序法是一種對(duì)DNA進(jìn)行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應(yīng)擴(kuò)增與DNA測(cè)序相結(jié)合的方法,能夠提供測(cè)定區(qū)域的序列信息,準(zhǔn)確定位甲基化胞嘧啶位點(diǎn);重亞硫酸鹽修飾后,甲基化胞嘧啶保持不變,但非甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏ぃ琍CR擴(kuò)增后為胸腺嘧啶,其將甲基化狀態(tài)的差異轉(zhuǎn)化成堿基的差異,從而對(duì)胞嘧啶的甲基化狀態(tài)進(jìn)行分析;但在亞硫酸鈉處理的酸性環(huán)境下,單鏈特異性PCR模板穩(wěn)定性下降,容易降解;并且模板鏈CG二核苷酸水平高易形成復(fù)雜的二級(jí)結(jié)構(gòu),常出現(xiàn)非特異性條帶,結(jié)合“巢式PCR法”能明顯提高擴(kuò)增的特異度。DNA 甲基化能關(guān)閉某些基因的活性,去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。廣州目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序分析
上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴(kuò)增目的片段,添加barcode和測(cè)序通用接頭,在Illumina X10二代測(cè)序平臺(tái)對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,利用生物信息學(xué)方法,精確定量計(jì)算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點(diǎn)的甲基化狀態(tài),在完成目標(biāo)區(qū)域檢測(cè)的同時(shí)大幅降低研究費(fèi)用。Hi-MethylSeq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù),可實(shí)現(xiàn)多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究,在大樣本中進(jìn)一步確認(rèn)全基因組甲基化研究挑選的陽(yáng)性位點(diǎn)。重亞硫酸鹽處理是甲基化分析中基因組DNA處理的金標(biāo)準(zhǔn),是一個(gè)化學(xué)過程,可造成DNA的損傷,很難同時(shí)實(shí)現(xiàn)100%的轉(zhuǎn)換效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG島之外選取3段內(nèi)參序列中的C作為內(nèi)對(duì)照,準(zhǔn)確評(píng)估樣本的轉(zhuǎn)化率。天津亞硫酸鹽甲基化重測(cè)序DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶。
真核生物基因表達(dá)受多種機(jī)制、多層面的綜合調(diào)控。基因的DNA序列不發(fā)生改變的情況下,基因的表達(dá)水平與功能發(fā)生改變,并可遺傳現(xiàn)象,稱為表觀遺傳(epigenetic)現(xiàn)象。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會(huì)影響DNA結(jié)構(gòu),進(jìn)而阻遏基因轉(zhuǎn)錄,引起基因沉默。人體內(nèi),DNA甲基轉(zhuǎn)移酶主要有四種:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA復(fù)制完成后,DNMT1是催化甲基轉(zhuǎn)移至新合成的DNA鏈上,這一現(xiàn)象稱為維持甲基化;DNMT3A和DNMT3B負(fù)責(zé)催化核酸鏈上新的甲基化位點(diǎn)發(fā)生反應(yīng),成為形成甲基化;DNMT3L不具有甲級(jí)轉(zhuǎn)移酶活性,其主要作用是調(diào)節(jié)其他甲基轉(zhuǎn)移酶的活性。真核細(xì)胞內(nèi)甲基化狀態(tài)有3種:持續(xù)的低甲基化狀態(tài)(如持家基因的甲基化)、誘導(dǎo)的去甲基化狀態(tài)(如一些發(fā)育階段特異性基因的修飾)和高度甲基化狀態(tài)(如人類女性細(xì)胞內(nèi)縊縮-失活的X染色體的甲基化)。
DNA甲基化是指針對(duì)DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。其中,5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個(gè)非常重要的表觀遺傳學(xué)修飾事件,該事件能夠調(diào)控基因活性,并影響著如細(xì)胞分化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和染色質(zhì)重塑等生物學(xué)過程。重亞硫酸鹽測(cè)序可以從單個(gè)堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先,利用重?zé)熈蛩猁}對(duì)基因組DNA進(jìn)行處理,將未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發(fā)生了甲基化的胞嘧啶未發(fā)生脫氨基,因而,可以基于此將經(jīng)重亞硫酸鹽處理的和未處理的測(cè)序樣本進(jìn)行比較來發(fā)現(xiàn)甲基化的位點(diǎn)。5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC)是一種常見的DNA修飾類型,能調(diào)節(jié)基因表達(dá)、轉(zhuǎn)座子及染色體的狀態(tài)等。
DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的重要內(nèi)容。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對(duì)于維持正常細(xì)胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關(guān)重要的作用。甲基化研究成為表觀遺傳學(xué)的熱點(diǎn),相應(yīng)的技術(shù)也是層出不窮,根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康牡牟煌@些技術(shù)大體能夠分成兩類:全基因組甲基化檢測(cè)技術(shù)以及特異性位點(diǎn)甲基化檢測(cè)技術(shù)。翼和特色內(nèi)容目標(biāo)區(qū)域甲基化測(cè)序自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)超高重PCR為基礎(chǔ),目標(biāo)甲基化區(qū)段特異性捕獲,更具針對(duì)性,經(jīng)濟(jì)型基于二代測(cè)序,可以獲得目標(biāo)區(qū)域內(nèi)所有C的甲基化數(shù)據(jù)~500X的測(cè)序深度,精確計(jì)算每個(gè)位點(diǎn)C的甲基化程度通量高,可同時(shí)對(duì)成百上千個(gè)區(qū)域進(jìn)行甲基化程度分析適用于大樣本多區(qū)域的DNA甲基化水平檢測(cè)Q30>80%檢出率90%以上,90%以上測(cè)序片段測(cè)序深度>10X。全基因組甲基化測(cè)序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對(duì)基因組進(jìn)行處理后上機(jī)測(cè)序。廣州目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序分析
上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴(kuò)增目的片段,添加barcode和測(cè)序通用接頭。廣州目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序分析
DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)修飾的主要形式,甲基化模式的異常促進(jìn)細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化,參與tumour演進(jìn)。許多基因具有tumour特異性的甲基化表型,一方面基因組普遍的低甲基化引起原cancer基因活化,基因組不穩(wěn)定性增加;另一方面啟動(dòng)子區(qū)的高甲基化,引起抑cancer基因及錯(cuò)配修復(fù)基因表達(dá)沉默,導(dǎo)致tumour的發(fā)生。研究表明,基因組的低甲基化隨著細(xì)胞惡性度的增加而愈加明顯,是病情診斷的重要指標(biāo);此外,CpG島局部的高甲基化發(fā)生于細(xì)胞惡變之前,能在早期預(yù)測(cè)tumour的發(fā)生,其也能有效地預(yù)測(cè)tumour的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移,在tumour的鑒別診斷中亦發(fā)揮重要作用。因此,檢測(cè)tumour發(fā)生中相關(guān)基因的甲基化模式具有重要意義,現(xiàn)就近年來中外文獻(xiàn)報(bào)道的甲基化檢測(cè)方法進(jìn)行簡(jiǎn)要的分析總結(jié)。廣州目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序分析
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司專注技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)品研發(fā),發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大。目前我公司在職員工以90后為主,是一個(gè)有活力有能力有創(chuàng)新精神的團(tuán)隊(duì)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù),堅(jiān)持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,贏得廣大客戶的支持和信賴。公司憑著雄厚的技術(shù)力量、飽滿的工作態(tài)度、扎實(shí)的工作作風(fēng)、良好的職業(yè)道德,樹立了良好的細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù)形象,贏得了社會(huì)各界的信任和認(rèn)可。