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成都目標甲基化重測序怎么解決

來源: 發布時間:2021-11-06

DNA甲基化是表觀遺傳調控的常見機制。啟動子區域的高度甲基化可導致基因表達改變。甲基化多發生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細胞和組織分化、疾病發生以及適應環境等過程中,甲基化狀態可發生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態的分析,將為發育、育種、tumour標志物鑒定或藥物靶標尋找等研究奠定基礎。全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。NA甲基化在DNA復制起始、錯配修復等過程中對維持遺傳信息的穩定性發揮著重要的作用。成都目標甲基化重測序怎么解決

DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變,從而控制基因+表達。在甲基轉移酶的催化下,DNA的CG兩個核苷酸的胞嘧啶被選擇性地添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,這常見于基因的5'-CG-3'序列。大多數脊椎動物基因組DNA都有少量的甲基化胞嘧啶,主要集中在基因5’端的非編碼區,并成簇存在。甲基化位點可隨DNA的復制而遺傳,因為DNA復制后,甲基化酶可將新合成的未甲基化的位點進行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。南京目標區間甲基化重測序技術服務上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽處理,用PCR擴增目的片段,并結合二代測序平臺并對PCR產物進行測序。

Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產權的多重PCR捕獲技術,確保目的片段有效富集,經亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復雜度嚴重降低,嚴格控制建庫PCR的循環數,降低非特異性擴增,通過將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測序reads比對到轉換后的參考序列上,針對每一個CpG位點,統計C和T堿基的讀數(類似于SNP calling),來判斷該位點的甲基化。

DNA甲基化是指在DNA甲基轉移酶的作用下,使胞嘧啶的5位碳原子發生甲基化的生物化學過程。DNA胞嘧啶甲基化是一種穩定的表觀遺傳學標記,在調控特定基因表達、轉座子沉默、基因印記、X染色體失活以及基因組穩定性等多種生物學過程中發揮著重要作用。在動物中,DNA甲基化主要發生在CpG二核苷酸的背景下,約為70-80%的DNA甲基化。然而,剩余未發生甲基化的CpG位點則主要密集分布于基因的啟動子區域和the first exon region,被稱為CpG島(CpG island),在基因表達的調控和基因突變上都可能發揮著重要作用。上海翼和生物甲基化測序采用的是重亞硫酸鹽擴增子測序法,重亞硫酸鹽轉化是研究DNA甲基化的金標方法。

全基因組重亞硫酸鹽測序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)用于全基因組DNA甲基化檢測:表觀遺傳學研究已經證實了特定基因區域的DNA甲基化修飾對于染色體構象、基因表達調控機制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究是表觀基因組學關注的重要內容。Bisulfite處理能夠將基因組中未發生甲基化的C堿基轉換成U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有甲基化修飾的C堿基區分開來,再結合高通量測序技術,可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。以MethlyC-seq為例,將DNA段化后收集特定長度的片段并修復DNA末端.成都目標區間甲基化重測序報告

DNA甲基化是在DNA甲基化轉移酶的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)的過程。成都目標甲基化重測序怎么解決

全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。成都目標甲基化重測序怎么解決

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