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浙江CPG島甲基化重測(cè)序送樣要求

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-12-16

上海翼和生物甲基化測(cè)序采用的是重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標(biāo)方法,該技術(shù)基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學(xué)轉(zhuǎn)化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA,非甲基化胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不發(fā)生這種轉(zhuǎn)化,從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化(圖1)。轉(zhuǎn)化后的序列可以進(jìn)行多種分析,包括重亞硫酸鹽測(cè)序、焦磷酸測(cè)序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線分析、基于微陣列的方法和下一代測(cè)序。在基因組的某些區(qū)域中,通常位于基因的啟動(dòng)子區(qū),CpG 序列密度很高,可以達(dá)均值的5 倍以上。浙江CPG島甲基化重測(cè)序送樣要求

DNA甲基化是DNA化學(xué)修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG兩個(gè)核苷酸中的胞嘧啶被選擇性地添加甲基基團(tuán)的化學(xué)修飾現(xiàn)象,極常見的是在胞嘧啶的5號(hào)碳位置,在酶和底物的作用下,引入一個(gè)甲基基團(tuán),變成了5甲基胞嘧啶(5mC),從而改變了它的活性。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對(duì)于維持正常細(xì)胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關(guān)重要的作用。上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用PCR擴(kuò)增目的片段,并結(jié)合二代測(cè)序平臺(tái)(illumina等主流測(cè)序平臺(tái))并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序,本方案目標(biāo)區(qū)域甲基化測(cè)序服務(wù)Hi-MethylSeq,在完成目標(biāo)區(qū)域檢測(cè)的同時(shí)大幅降低研究費(fèi)用。杭州目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序哪里做DNA甲基化主要發(fā)生在CpG位點(diǎn)。在哺乳動(dòng)物中,70%到80%的CpG位點(diǎn)的胞嘧啶是甲基化的。

物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細(xì)菌的數(shù)千個(gè)基因進(jìn)化到高等動(dòng)物的數(shù)萬個(gè)基因,基因數(shù)增長(zhǎng)的一個(gè)數(shù)量級(jí)。要管好這么多的基因,在漫長(zhǎng)的一生中有規(guī)律地關(guān)閉或打開基因表達(dá),DNA甲基化這個(gè)開關(guān)對(duì)高等動(dòng)植物必不可少。轉(zhuǎn)座子是一類在基因組上可以自主復(fù)制(或剪切)和移動(dòng)的**功能元件。如果它們隨意移動(dòng),對(duì)基因組的穩(wěn)定性具有破壞作用。DNA甲基化對(duì)轉(zhuǎn)座子的移動(dòng)具有抑制作用。通常,物種的基因組越大,其基因組中轉(zhuǎn)座子的比例越高,那么限制轉(zhuǎn)座子移動(dòng)的門神——DNA甲基化的比例就越高。

DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制在許多關(guān)鍵的生物學(xué)過程如發(fā)育及疾病的進(jìn)展中扮演著重要的作用,相對(duì)于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測(cè)手段,全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術(shù)可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建方法相結(jié)合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對(duì)來自更多樣本基因組中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點(diǎn),還能夠配合靶向技術(shù)檢測(cè)低頻甲基化信號(hào),已成為目前在業(yè)界受到普遍關(guān)注的一種主流方法。DNA復(fù)制后胞嘧啶的甲基化會(huì)改變DNA的構(gòu)象,使DNA的大溝無法與DNA結(jié)合蛋白正常結(jié)合。

表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實(shí)了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對(duì)于染色體構(gòu)象、基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究將是表觀基因組學(xué)為關(guān)注的內(nèi)容之一。Bisulfite處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進(jìn)行PCR擴(kuò)增后變成T,與原本具有甲基化修飾的C堿基區(qū)分開來,再結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù),可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。特定物種的高精確度甲基化修飾模式的分析,必將在表觀基因組學(xué)研究中具有里程碑式的意義,并且為細(xì)胞分化、組織發(fā)育等基礎(chǔ)機(jī)制研究,以及動(dòng)植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎(chǔ)。常規(guī)全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列。北京目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序準(zhǔn)確度高

重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序法基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學(xué)轉(zhuǎn)化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA。浙江CPG島甲基化重測(cè)序送樣要求

DNA甲基化是表觀遺傳調(diào)控的常見機(jī)制。啟動(dòng)子區(qū)域的高度甲基化可導(dǎo)致基因表達(dá)改變。甲基化多發(fā)生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細(xì)胞和組織分化、疾病發(fā)生以及適應(yīng)環(huán)境等過程中,甲基化狀態(tài)可發(fā)生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態(tài)的分析,將為發(fā)育、育種、tumour標(biāo)志物鑒定或藥物靶標(biāo)尋找等研究奠定基礎(chǔ)。全基因組甲基化測(cè)序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測(cè)序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測(cè)全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴(kuò)增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,與參考序列比對(duì),即可判斷CpG/CHG/CHH位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。浙江CPG島甲基化重測(cè)序送樣要求

上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司總部位于龍騰路1015弄中星創(chuàng)意園2號(hào)502,是一家第三方檢測(cè)服務(wù);生物專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù);健康衰老評(píng)估;大健康檢測(cè);遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測(cè)技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細(xì)胞點(diǎn)突變檢測(cè);細(xì)胞端粒長(zhǎng)度和端粒酶活性檢測(cè)。的公司。翼和生物作為第三方檢測(cè)服務(wù);生物專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù);健康衰老評(píng)估;大健康檢測(cè);遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測(cè)技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細(xì)胞點(diǎn)突變檢測(cè);細(xì)胞端粒長(zhǎng)度和端粒酶活性檢測(cè)。的企業(yè)之一,為客戶提供良好的細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù)。翼和生物始終以本分踏實(shí)的精神和必勝的信念,影響并帶動(dòng)團(tuán)隊(duì)取得成功。翼和生物始終關(guān)注自身,在風(fēng)云變化的時(shí)代,對(duì)自身的建設(shè)毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使翼和生物在行業(yè)的從容而自信。

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