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安徽目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-01-05

5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC) 是一種常見(jiàn)的DNA修飾類(lèi)型,能調(diào)節(jié)基因表達(dá)、轉(zhuǎn)座子及染色體的狀態(tài)等。全基因組重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的WGBS法,能夠?qū)崿F(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點(diǎn)準(zhǔn)確、高效定位。通過(guò)***分析不同處理方式下的全基因組甲基化水平,快速準(zhǔn)確鑒定出差異甲基化區(qū)域,有助于我們更加***深入地了解動(dòng)、植物的甲基化模式和表觀調(diào)控機(jī)制,在動(dòng)物行為、植物脅迫、植物性狀、胚胎發(fā)育、cancer疾病、生物標(biāo)記物等方面具有普遍的應(yīng)用。DNA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯(cuò)配修復(fù)以及轉(zhuǎn)座子的失活等過(guò)程中對(duì)維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。安徽目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

上海翼和生物甲基化測(cè)序采用的是重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標(biāo)方法,該技術(shù)基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學(xué)轉(zhuǎn)化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA,非甲基化胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不發(fā)生這種轉(zhuǎn)化,從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化(圖1)。轉(zhuǎn)化后的序列可以進(jìn)行多種分析,包括重亞硫酸鹽測(cè)序、焦磷酸測(cè)序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線(xiàn)分析、基于微陣列的方法和下一代測(cè)序。南京亞硫酸鹽甲基化重測(cè)序分析以MethlyC-seq為例,將DNA段化后收集特定長(zhǎng)度的片段并修復(fù)DNA末端.

WGBS能為基因組DNA甲基化時(shí)空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)支持,能廣泛應(yīng)用在個(gè)體發(fā)育、衰老和疾病等生命過(guò)程的機(jī)制研究中,也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)先方法。常規(guī)全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過(guò)T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列,連接產(chǎn)物通過(guò)重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏,進(jìn)而通過(guò)接頭序列介導(dǎo)的 PCR 技術(shù)將尿嘧啶U轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏。上海翼和是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,上海市****,至今已有十六年的歷史。

DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制在許多關(guān)鍵的生物學(xué)過(guò)程如發(fā)育及疾病的進(jìn)展中扮演著重要的作用,相對(duì)于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測(cè)手段,全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術(shù)可通過(guò)將高效的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建方法相結(jié)合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對(duì)來(lái)自更多樣本基因組中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點(diǎn),還能夠配合靶向技術(shù)檢測(cè)低頻甲基化信號(hào),已成為目前在業(yè)界受到普遍關(guān)注的一種主流方法。目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序(Hi-Methylseq)結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù)。

亞硫酸氫鈉修飾后測(cè)序法是一種對(duì)DNA進(jìn)行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應(yīng)擴(kuò)增與DNA測(cè)序相結(jié)合的方法,能夠提供測(cè)定區(qū)域的序列信息,準(zhǔn)確定位甲基化胞嘧啶位點(diǎn);重亞硫酸鹽修飾后,甲基化胞嘧啶保持不變,但非甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏ぃ琍CR擴(kuò)增后為胸腺嘧啶,其將甲基化狀態(tài)的差異轉(zhuǎn)化成堿基的差異,從而對(duì)胞嘧啶的甲基化狀態(tài)進(jìn)行分析;但在亞硫酸鈉處理的酸性環(huán)境下,單鏈特異性PCR模板穩(wěn)定性下降,容易降解;并且模板鏈CG二核苷酸水平高易形成復(fù)雜的二級(jí)結(jié)構(gòu),常出現(xiàn)非特異性條帶,結(jié)合“巢式PCR法”能明顯提高擴(kuò)增的特異度。DNA 甲基化能關(guān)閉某些基因的活性,去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。安徽目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

機(jī)體細(xì)胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會(huì)產(chǎn)生特定的應(yīng)答,并往往會(huì)用DNA甲基化記錄在DNA修飾中。安徽目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測(cè)序,利用重亞硫酸氫鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,然后通過(guò)PCR將U變?yōu)锳,*有甲基化的C可以成功保留,***通過(guò)測(cè)序就可判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。特點(diǎn)是精確度高、重復(fù)性好,檢測(cè)范圍廣,可以覆蓋全基因組范圍內(nèi)的每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài);但需要的數(shù)據(jù)量比較大,成本較高。上海翼和生物是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。安徽目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司致力于醫(yī)藥健康,以科技創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)***管理的追求。翼和生物作為第三方檢測(cè)服務(wù);生物專(zhuān)業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)咨詢(xún)、技術(shù)服務(wù);健康衰老評(píng)估;大健康檢測(cè);遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測(cè)技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細(xì)胞點(diǎn)突變檢測(cè);細(xì)胞端粒長(zhǎng)度和端粒酶活性檢測(cè)。的企業(yè)之一,為客戶(hù)提供良好的細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù)。翼和生物始終以本分踏實(shí)的精神和必勝的信念,影響并帶動(dòng)團(tuán)隊(duì)取得成功。翼和生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿(mǎn)足市場(chǎng)需求,提高產(chǎn)品價(jià)值,是我們前行的力量。

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