當你準備將你的科研成果進行發(fā)表時,卻被投稿雜志要求提供細胞鑒定報告,此時你所使用的細胞是否存在交叉污染,可能導致你幾個月甚至是幾年的研究成果化為烏有。新買的細胞或者是已凍存多年未用的細胞,是否被污染,用它做實驗得到的結(jié)果是真實的嗎,用未經(jīng)細胞鑒定過的細胞,花費...
如何知道細胞系是否發(fā)生交叉污染了?如果存在細胞系之間發(fā)生交叉污染,而且鑒定用的細胞可能有兩種以上的細胞系時,那么在進行STR位點檢測的時候,多個位點會出現(xiàn)兩個以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強度,理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關系。因此,存在交叉污染...
4.MassArray法MassARRAY分子量陣列技術是Sequenom公司推出的世界上靠前的基因分析工具,通過引物延伸或切割反應與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術相結(jié)合,實現(xiàn)基因分型檢測。基于MassARRAY平臺的iPLEXGOLD技術可以設計,...
DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,使胞嘧啶的5位碳原子發(fā)生甲基化的生物化學過程。DNA胞嘧啶甲基化是一種穩(wěn)定的表觀遺傳學標記,在調(diào)控特定基因表達、轉(zhuǎn)座子沉默、基因印記、X染色體失活以及基因組穩(wěn)定性等多種生物學過程中發(fā)揮著重要作用。在動物中,DNA甲基...
上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區(qū)間內(nèi)的甲基化位點的甲基化狀態(tài),在完成目標區(qū)...
真核生物基因表達受多種機制、多層面的綜合調(diào)控。基因的DNA序列不發(fā)生改變的情況下,基因的表達水平與功能發(fā)生改變,并可遺傳現(xiàn)象,稱為表觀遺傳(epigenetic)現(xiàn)象。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成...
表觀遺傳學研究已經(jīng)證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構(gòu)象、基因表達調(diào)控機制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究將是表觀基因組學為關注的內(nèi)容之一。Bisulfite處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有...
亞硫酸氫鹽測序法用亞硫酸氫鈉對 DNA 進行化學處理會使甲基化特異性序列變異,從而可以通過NGS進行定位和量化,主要的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析流程:獲得DNA甲基化數(shù)據(jù)之后,首先,需要對數(shù)據(jù)進行處理和質(zhì)量的基本控制,包括原始測序和芯片數(shù)據(jù)的讀取、轉(zhuǎn)換到產(chǎn)生準確的D...
高分辨率熔解(High-resolutionmelting,簡稱HRM)分析是一門新興的技術。它通過PCR之后的熔解曲線分析,就能檢測PCR片段的微小序列差異,從而應用在突變掃描、序列配對和基因分型等多個方面。憑借其速度和簡便性,高分辨率熔解這種方法正在迅速普...
相信大家都聽過或已經(jīng)接觸過一些常用的分型方法,如片段長度多態(tài)性(限制性內(nèi)切酶)法,直接測序法,Taqman熒光探針法,LDR連接酶檢測反應法,競爭性等位基因特異性PCR法(KASP),二代測序法等,小E就針對以上幾種常用分型方法為大家做一個介紹和總結(jié)。上海翼和...
上海翼和生物根據(jù)具體實驗規(guī)模,提供兩種檢測平臺,分別為:適合中低通量檢測的PCR-LDR分型服務和適合高通量的基于二代Hi-SNP分型服務。PCR-LDRSNP分型服務:PCR-LDR技術是PCR技術和LDR(LigaseDetectionReaction,連...
為了獲得更多糖原相關SNP位點,作者選擇了包括Cg_GD1基因在內(nèi)的5個基因,64個個體(32個高糖原個體和32個低糖原個體)進行重測序,,后得到732個高質(zhì)量SNP。其中32個位于Cg_GD2基因,256個位于Cg_GS基因,用于后續(xù)的關聯(lián)分析。結(jié)果顯示有兩...
理論上講,SNP既可能是二等位多態(tài)性,也可能是3個或4個等位多態(tài)性,但實際上,后兩者非常少見,幾乎可以忽略。通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換(C T,在其互補鏈上則為GA),也可能是顛換(CA,GT,CG,AT)。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于...
SNP挑選:(1)SNP位于非編碼區(qū);(2)SNP平均分布在29條常染色體上;(3),小等位基因頻度(MAF)需大于30%,保證位點有足夠多態(tài)性;SNP鑒定方法~翼和Hi-SNP:59個SNP采用上海翼和應用生物技術有限公司的Hi-SNP技術,由本公司實施多重...
主要是指同源蛋白質(zhì)的氨基酸序列或者堿基序列相似的程度。主要包括氨基酸序列和堿基序列。把幾個相似的或相關的氨基酸或堿基的序列放到NCBI或者clustalw軟件中進行對比,比對出其相似的程度。相似度越高,說明序列的同源性越高。上海翼和應用生物技術有限公司是上海市...
單核苷酸多態(tài)性(SNP)主要應用比較比較常見,主要場景:(1)科研:研究特定疾病發(fā)生的遺傳變異,如tumour、罕見變異。(2)臨床:用于**易感基因檢測、低頻**游離DNA檢測等。(3)健康:用于**風險評估,家族遺傳咨詢指導、生活方式指導等相關的大眾消費基...
異源同源基因(xenologousgene)是由于基因在不同物種間的橫向轉(zhuǎn)移(horizontaltransfer)而產(chǎn)生的。異源同源基因在原核生物中研究比較多。**近研究表明,異源同源基因的原位取代xenolo—gousgenedisplacementins...
異源同源基因(xenologousgene)是由于基因在不同物種間的橫向轉(zhuǎn)移(horizontaltransfer)而產(chǎn)生的。異源同源基因在原核生物中研究比較多。**近研究表明,異源同源基因的原位取代xenolo—gousgenedisplacementins...
片段長度多態(tài)性(限制性內(nèi)切酶)法——RFLP(RestrictionFragmentLengthPolymorphism)法的基本原理是通過PCR擴增目的片段DNA,擴增產(chǎn)物再用特異性內(nèi)切酶酶切成不同大小的片段,直接通過凝膠電泳分辨基因型。不同等位基因的限制性...
亞硫酸氫鈉修飾后測序法是一種對DNA進行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應擴增與DNA測序相結(jié)合的方法,能夠提供測定區(qū)域的序列信息,準確定位甲基化胞嘧啶位點;重亞硫酸鹽修飾后,甲基化胞嘧啶保持不變,但非甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏ぃ琍CR擴增后為胸腺嘧啶,其將甲基化狀態(tài)...
SNP(單核苷酸多態(tài)性)是遺傳學研究是不可缺少的一部分,上海翼和應用生物技術有限公司作為一家專門從事遺傳學技術服務的公司,SNP基因分型也是日常項目中經(jīng)常碰到的對象。但是目前成熟的SNP分型方法有很多,各有各的特點和適用性,這讓很多剛開始接觸SNP分型的人們難...
SNP挑選:(1)SNP位于非編碼區(qū);(2)SNP平均分布在29條常染色體上;(3),小等位基因頻度(MAF)需大于30%,保證位點有足夠多態(tài)性;SNP鑒定方法~翼和Hi-SNP:59個SNP采用上海翼和應用生物技術有限公司的Hi-SNP技術,由本公司實施多重...
目前市場上有多個廠家提供HRM分析的儀器,包括IdahoTechnology、Corbett(QIAGEN)、Roche等,有些是HRM的儀器,有些則是附帶HRM功能的定量PCR儀。HRM的發(fā)明者—美國猶他大學醫(yī)學院的Wittwer實驗室曾評估了市場上多臺儀器...
《CandidateGenePolymorphismsandtheirAssociationwithGlycogenContentinthePacificOysterCrassostreagigas》本文作者在野生群體中進行了候選基因關聯(lián)分析,選擇90個候選基...
表觀遺傳學研究已經(jīng)證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構(gòu)象、基因表達調(diào)控機制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究將是表觀基因組學為關注的內(nèi)容之一。Bisulfite處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有...
DNA甲基化是表觀遺傳學領域研究的重點之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮...
SNP(單核苷酸多態(tài)性)是遺傳學研究是不可缺少的一部分,上海翼和應用生物技術有限公司作為一家專門從事遺傳學技術服務的公司,SNP基因分型也是日常項目中經(jīng)常碰到的對象。但是目前成熟的SNP分型方法有很多,各有各的特點和適用性,這讓很多剛開始接觸SNP分型的人們難...
Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產(chǎn)權(quán)的多重PCR捕獲技術,確保目的片段有效...
競爭性等位基因特異性PCR法——KASP(KompetitiveAlleleSpecificPCR),是英國LGC(**化學家實驗室)公司所開發(fā)的技術,被比較常見用于少位點,多樣本的SNP分型中,與TaqMan熒光探針法有一定相似性。KASP基于引物末端堿基的...
Hi-SNP 結(jié)合多重 PCR 技術和高通量測序技術,對需要檢測的位點設計特異性引物,在單管內(nèi)進行多重 PCR 擴增,不同的樣本以不同的 Barcode 引物區(qū)分。混合樣本后,在 Ion Proton/illumina 主流測序平臺上, 對擴增子進行高通量測序...