基于橋式PCR技術的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區分ATCG;2)3'端使用疊氮基團封閉,保證一次循環只上一個dNTP。每一輪循環結束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環數的增大會出現不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。單細胞多組學測序可識別重要的轉錄因子,進行譜系和發育追蹤。溫州空間轉錄組測序烈冰科技作為國內...
Single Cell Sequencing技術,即利用優化后的高通量測序技術(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環境中的功能情況。那么問題來了,如何獲得單個細胞?如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個細胞?單個組織細胞群體通常在百萬級別以上,如果被檢測的測序細胞數量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個細胞?單細胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候,如果單個細胞的分選成本也很高,技術根本無法普及。所以,正因為這些問題的存在使得高通量測...
空間組測序技術,作為現階段單細胞技術的重要補充技術進入了組學的實驗領域以及生物信息學的分析領域。通過單細胞測序(單細胞表達尺度)+ 空間轉錄組測序(空間表達尺度)+數字病理(臨床診斷尺度)聯合分析可在空間和時間上描述不斷演變的組織生態系統,多角度深入分析組織的形態特征、基因組學特征、表觀遺傳調控因子以及樣本中的免疫微環境。不同于單細胞測序分析的需求-分析-需求-分析的模式,空間轉錄組分析實際上是非常需要研究者和企業之間的互動的,尤其是對于組織切片的理解,一個在線互相交流空間轉錄組測序結果的系統也是空轉分析中不可或缺的一環,也是重中之重。全線搭建BD Rhapsody單細胞測序平臺。上海ATAC...
空間轉錄組測序與單細胞測序的結果不同,這里存在一個概念叫做Number of Spots under tissue,即,空間轉錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標準是有UMI以及有序列表達。那么這個時候,貼片的質量就成為了制約空間轉錄組有效區域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉片上,那么容易出現雖然有HE染色有組織片子,但是沒有基因表達,即無有效Spot位點。同樣的,另一個就是組織切片的大小,也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小,分析的有效區域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉錄組分析結果的基礎質量。深度的單細胞測序數據解讀助力生物健康醫療時代。RNA測序...
基于10X Geomics 動態微流控技術,利用Tn5轉座酶酶切開放染色質,形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,揭示單細胞染色質的可及性問題,區分細胞異質性,獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區域和染色質狀態等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數千個獨特的染色質開放區域,識別細胞類型和細胞狀態;識別重要的轉錄因子,進行譜系和發育追蹤;探究驅動細胞類型和狀態之間基因表達差異的非編碼序列;探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。豐富的測序和數據分析經驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數據分析服務。溫州...
空間轉錄組測序與單細胞測序的結果不同,這里存在一個概念叫做Number of Spots under tissue,即,空間轉錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標準是有UMI以及有序列表達。那么這個時候,貼片的質量就成為了制約空間轉錄組有效區域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉片上,那么容易出現雖然有HE染色有組織片子,但是沒有基因表達,即無有效Spot位點。同樣的,另一個就是組織切片的大小,也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小,分析的有效區域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉錄組分析結果的基礎質量。烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。重...
其實,空間轉錄組的概念早就已經存在了,目前已經發表的空間轉錄組技術有 Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確、基因和細胞檢測量的限制等問題。10x Genomics公司升級spatial Transcriptomic后推出的Visium空間基因表達解決方案是一款商業化的高精度、高通量空間轉錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內率先搭建空間轉錄組測序服務平臺,聯合上線單細胞核轉錄組測序、AbSeq、單細胞TCR...
空間轉錄組數據可以用單細胞轉錄組數據的分析策略進行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發育時期特定空間區域內的信號通路及其關鍵基因的較大情況,揭示在特定發育時期特定區域內發生的生物學過程。針對任何一個基因,空間轉錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布;單細胞轉錄組可以給出該基因表達的細胞類群;原位測序可以給出該基因在細胞內的表達狀況。通過不同發育時間點的信息比較,可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異,給出其在細胞內的真實的演變狀況。單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。武漢ATAC測序數據分析RNA測序(RNA-seq)是...
機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”;當細胞在不同狀態之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。單細胞測序...
烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業,為科研學者提供專注的測序數據分析服務,先后經歷基因芯片時代、基因測序、轉錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細胞測序進入發展的快車道,烈冰作為國內首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發的NovelBrain?生物大數據分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務和解決方案。4年的單細胞技術的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細胞類型,1000+靶標基因,10000+樣本處理經驗。單細胞測序技術的迅速發...
單細胞轉錄組測序是在單細胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術,突破傳統高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態,并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質性。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺實現了單塊chip上的百萬級別通量的細胞捕獲,系統實現16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細胞(不混樣),并支持原Chromium Controller體統外的多種細胞捕獲百萬級別通量實驗,可準確鑒別...
空間轉錄組測序的數據質量和玻片有效區域的利用率、貼片的質量和透化時間息息相關。貼片質量不良會影響總的有效spot數等;而透化不合理會導致spot的reads數、基因中位數等參數。而 在特異性基因表達方面,我們也可以統計空間轉錄組群體的特異性基因表達即Markergene,將他們在組織切片以及空轉上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數據庫中的一些細胞Marker,然后將其在基因表達在空間轉錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解,群體中的可能的細胞組成關系。 烈冰斥巨資引進Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀元。成都單細胞測序數據分析烈冰與國內高校、研究所、醫院和藥...
單細胞測序實驗再樣本細胞上機分選簽,需要對細胞數量、細胞活性進行準確判斷,這對Single Cell分選標記、建庫、下機數據的質量都具有著決定性的作用。如若細胞計數偏高,將會影響建庫的成功率;計數偏低,則會顯著提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,就會使測序數據的利用率大打折扣,因此把好單細胞懸液質量這一關尤為重要。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多...
基于10X Next GEM技術,單細胞免疫組庫測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲5'端mRNA表達譜、TCR和BCR的信息,結合基因的表達譜和V(D)J數據進行復雜組織樣本的是影響免疫應答分析,監測免疫療法的效果,研究疾病發生、發展的分子機制。 烈冰平臺 1/ 1000+ TCR/BCR項目經驗,一次實驗可同時獲取1000-10000個細胞的文庫構建,獲得轉錄組和免疫組數據。 2/ 具備完善的免疫組庫測序和實驗質控流程,獲取V(D)J全長序列的配對信息 3/ 豐富的免疫組庫測序和數據分析經驗,實現專屬個性化數據分析服務,搭配單細胞分析云平臺,一鍵導出交互性的動態...
單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項目消化經驗,100+組織類型解離protocol,精心設計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。 凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認可的凍存組織復蘇技術以及死細胞過濾技術,確保凍存組織使用。 珍貴樣本,細胞數量太少,消化背景雜無法做單細胞? 采用國際認可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺模式,根據樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。 PCR Bias干擾基因表達? 采用BD單細胞UMI Barcode技術構建PCR無偏文庫,克服擴增偏...
免疫組庫測序有必要做嗎? 對于十的十二次方個以上的抗原識別基數來說,群體和個體間的免疫組庫的豐富程度能夠直接反應機體免疫系統情況,通常TCR/BCR的亞型越多,機體識別病原的能力越強,越不容易患病,但超過一定限度,也容易引發自身免疫性疾病。且機體的免疫組庫也不是一成不變的,會隨著年齡,環境,藥物,患病等等因素,免疫組庫多樣性也時刻處于動態變化當中。由此,將免疫組庫測序用于臨床診斷和診療上,有助于對群體或個體間進行免疫監測,探究相關疾病和免疫應答的關系,監測免疫療法的效果,研究疾病發生、發展的分子機制。單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術突破。成都單細胞BCR測序多樣本數據合并:Fractio...
所謂的高通量測序技術,又名大規模平行測序,是將 DNA(或者 cDNA)隨機片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數以萬計的克隆(colony)進行延伸反應,檢測對應的信號并獲取序列信息。與 傳統測序法相比,高通量測序技術在處理大規模樣品時具有強大的優勢,又快(兩天)又多(數百萬克隆),成為目前組學研究的主要技術。單細胞測序是一個系統的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實驗過程如何規劃,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,數據如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務就已經開始了,從銷售到實驗到專業技術支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目...
RNA測序(RNA-seq)是轉錄組學研究的重要工具,也是生命科學領域常用的技術之一。相比于傳統通路研究低維度、低通量的局限性,轉錄組學有以下優勢:1)能夠動態考察細胞基因組的表達,多維度地反映差異變化;2)可用于研究占RNA絕大部分的非編碼RNA,研究其結構以及在細胞生命活動中的重要調控作用;3)與蛋白組學研究相互補充,多角度呈現細胞水平的變化信息。作為轉錄組學研究的技術基礎,RNA測序技術也在不斷地更新迭代,現如今更大通量、更深精度的測序為眾多科研和醫學工作者提供了豐富的工具和探索真理的手段。自主研發PanoCell單細胞實驗測序平臺。北京BD VDJ測序服務其實,空間轉錄組的概念早就已經...
烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業,為科研學者提供專注的測序數據分析服務,先后經歷基因芯片時代、基因測序、轉錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細胞測序進入發展的快車道,烈冰作為國內首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發的NovelBrain?生物大數據分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務和解決方案。4年的單細胞技術的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細胞類型,1000+靶標基因,10000+樣本處理經驗。單細胞測序是高通量測序...
不同類型的細胞或者在不同的條件下,活細胞中染色質的結構是在不斷變化的,比如說各種應激反應(stimulus response)和抗逆反應(stress response)等,也就是說染色質的可及性是會隨細胞類型和外界刺激的改變而發生變化,而染色質開放區域的定向測序可以幫助我們了解細胞的轉錄調控過程,確定開放染色質的位置、轉錄因子的調控差異、核小體的調控區域和染色質狀態等信息,確定哪些基因在細胞中具有轉錄活性。單細胞多組學測序是一種比較強大的表觀遺傳學研究工具,在開放染色質圖譜繪制,細胞分化發育,疾病的致病機制,樣本微環境等方面具有極大的應用前景。十二年測序經驗,累計服務與5000余項重要科研項...
同恒檢測可以實現方法開發驗證、配方成分檢測、元素分析測定、綜合解決方案、結構分析確證、指定成分分析、腐蝕分析、模擬實驗、未知物成分分析、異物分析工業診斷、含量檢測測定等服務項目,業務范圍不僅涵蓋了傳統的日化、消費品、金屬、材料、保健食品、農藥、紡織、涂料、醫療;還包含了現代熱點的5G通訊、人工智能、新能源產業;從精密的半導體芯片、生物制藥、細菌病毒到宏觀的橋梁建筑、航天工業、工業生產,同恒檢測始終堅持為您提供精益求精的服務。深度的單細胞測序數據解讀助力生物健康醫療時代。常州單細胞多組學測序服務細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特...
當下,單細胞測序已經廣泛應用于多種疾病發展過程中的關鍵過程和事件,如疾病從輕癥病變向惡性的轉化、惡性向轉移病變的發展,以及疾病對多種藥物的反應等等。單細胞測序技術作為一個需要將組織解離成為單細胞懸液,或者是采用細胞核捕獲的策略捕獲單細胞核,進而對于每一個單細胞或者細胞核進行測序得到結果的技術,其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個問題就是如果單細胞A與B并不出現在一個組織區域中他們會互相影響或者轉化么?免疫研究中,兩個具有非常強的PDL1-PD1的配對關系的細胞在組織切片上風馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關系會生效么?搭建多種測序數據的生物信息分析平臺,5000+項目檢驗,真實可信賴。深...
細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態結構的基礎上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。自主研發PanoCell單細胞實驗測序平臺。寧波免疫組庫測序技術支持reads數、基因表達量及細胞數量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的read...
其實,空間轉錄組的概念早就已經存在了,目前已經發表的空間轉錄組技術有 Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確、基因和細胞檢測量的限制等問題。10x Genomics公司升級spatial Transcriptomic后推出的Visium空間基因表達解決方案是一款商業化的高精度、高通量空間轉錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內率先搭建空間轉錄組測序服務平臺,聯合上線單細胞核轉錄組測序、AbSeq、單細胞TCR...
相對于Smart-Seq技術在細胞數量上的問題,BD和10X這兩個平臺普遍提供的細胞數量都在1-6K不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托Random Cell Label技術,使得其對于NovaSeq、HiSeq?X?Ten、Hiseq 4000等設備存在的Index hooping現象,相對于Smart-Seq數據來說,影響幾乎可以忽略不計(10X Genomics官方網站曾給出hooping測試結果,顯示...
空間轉錄組測序的數據分析基本分為三個階段:1. 數據的預處理部分;2. Spot點陣的分群與定義;3. Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺,其結果都對后續的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode + UMI + 捕獲區域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數據過濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區域前的序列區域作為后續分析用的序列以減少分析負荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩...
烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業,為科研學者提供專注的測序數據分析服務,先后經歷基因芯片時代、基因測序、轉錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細胞測序進入發展的快車道,烈冰作為國內首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發的NovelBrain?生物大數據分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務和解決方案。4年的單細胞技術的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細胞類型,1000+靶標基因,10000+樣本處理經驗。烈冰測序數據分析平臺,...
單細胞轉錄組測序是在單細胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術,突破傳統高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態,并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質性。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺實現了單塊chip上的百萬級別通量的細胞捕獲,系統實現16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細胞(不混樣),并支持原Chromium Controller體統外的多種細胞捕獲百萬級別通量實驗,可準確鑒別...
基于10X Next GEM技術,單細胞免疫組庫測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲5'端mRNA表達譜、TCR和BCR的信息,結合基因的表達譜和V(D)J數據進行復雜組織樣本的是影響免疫應答分析,監測免疫療法的效果,研究疾病發生、發展的分子機制。 烈冰平臺 1/ 1000+ TCR/BCR項目經驗,一次實驗可同時獲取1000-10000個細胞的文庫構建,獲得轉錄組和免疫組數據。 2/ 具備完善的免疫組庫測序和實驗質控流程,獲取V(D)J全長序列的配對信息 3/ 豐富的免疫組庫測序和數據分析經驗,實現專屬個性化數據分析服務,搭配單細胞分析云平臺,一鍵導出交互性的動態...
基于橋式PCR技術的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區分ATCG;2)3'端使用疊氮基團封閉,保證一次循環只上一個dNTP。每一輪循環結束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環數的增大會出現不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。烈冰生物首批引進 Chromium X 平臺,開啟百萬級通量單細胞測序新時代。杭州單細胞多組...