第二，數據庫的建立。盡管當前空間轉錄組的數據在快速地增長，但尚未有對應的數據庫來對這些數據進行匯總集成。第三，研究物種及組織的多樣化。在當前時代，除 LCM 之外，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉錄組學研究相對滯后。對除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術現代化，將為開發有用的空間轉錄組學地圖集提供廣闊的前景。第四，集成度高、交互性強、易擴展、文檔信息完善的開源工作流程的開發。該類工具的開發將簡化不同類型空間轉錄組學數據的整合和分析。HE 染色適用于空間轉錄組的組織學呈現方法。北京空間轉錄組報價

廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉錄組”的策略：2.第一種是利用計算機算法，根據單細胞轉錄組數據來模擬重構組織的空間形態。例如Seurat，這是一個在單細胞數據分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數據，加上對markegene進行原位測序的結果來重構組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）。這種技術對儀器和實驗人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內容十分精細，可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測序。**經典的是smFISH當然，這種方法的通量比較低。當然隨著技術的發現，剛發布的FISH-seq技術通過多輪雜交的方式，已經把測序通量提高到了10000+個轉錄本。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉錄組技術。本文主要討論的也就是這種技術。后面主要討論的都是基于這種策略。 湖南空間轉錄組報價作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉錄組測序，可評估不同腦皮層區域中基因表達特征和細胞類型定位情況。

基于原位測序的空間轉錄組技術。基于原位測序（ISS）的方法通過測序產生空間轉錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發的ISS中，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環化和RCA擴增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針。基于ISS技術的優勢包括：單細胞分辨率、亞細胞轉錄物定位和可應用于更大的組織區域。缺點是：檢測效率較低。

空間轉錄組的一般流程2。這使得在后續步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數據成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透，這意味著在細胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結合。因此，基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉換為數據。cDNA合成是為了創造穩定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區域。然后你可以確定哪些基因在這些區域中以什么數量表達。因此，你可以在一個單一的實驗中進行新分析。獲取空間轉錄組中各個spot的細胞類型注釋信息。

1. 10x  Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區域，每個捕獲區域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態學信息；組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉錄本信息和空間位置信息 。10X Genomics 繼單細胞測序后也推出了空間轉錄組測序技術。重慶空間轉錄組質量

許多當前時代空間轉錄組技術的基礎都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。北京空間轉錄組報價

 空間轉錄組學(ST)是一種方法，允許在組織樣本中可視化和定量分析轉錄組與空間分辨率。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片，該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質量的RNA-seq cDNA文庫。條形碼芯片有1007個帶有獨特條形碼序列的引物位點。每個位置都有一個直徑100μm(對應于一個組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，在空間轉錄組樣本處理、實驗和數據挖掘上的成功經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。北京空間轉錄組報價

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