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武漢ATAC測序數據分析

來源: 發布時間:2022-06-03

空間轉錄組數據可以用單細胞轉錄組數據的分析策略進行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發育時期特定空間區域內的信號通路及其關鍵基因的較大情況,揭示在特定發育時期特定區域內發生的生物學過程。針對任何一個基因,空間轉錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布;單細胞轉錄組可以給出該基因表達的細胞類群;原位測序可以給出該基因在細胞內的表達狀況。通過不同發育時間點的信息比較,可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異,給出其在細胞內的真實的演變狀況。單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。武漢ATAC測序數據分析

RNA測序(RNA-seq)是轉錄組學研究的重要工具,也是生命科學領域常用的技術之一。相比于傳統通路研究低維度、低通量的局限性,轉錄組學有以下優勢:1)能夠動態考察細胞基因組的表達,多維度地反映差異變化;2)可用于研究占RNA絕大部分的非編碼RNA,研究其結構以及在細胞生命活動中的重要調控作用;3)與蛋白組學研究相互補充,多角度呈現細胞水平的變化信息。作為轉錄組學研究的技術基礎,RNA測序技術也在不斷地更新迭代,現如今更大通量、更深精度的測序為眾多科研和醫學工作者提供了豐富的工具和探索真理的手段。寧波單細胞TCR測序平臺單細胞多組學測序可識別重要的轉錄因子,進行譜系和發育追蹤。

烈冰與國內高校、研究所、醫院和藥企單位開展深度合作,服務于600+臨床與研究機構,1000+客戶和5000+重要科研項目,助力并聯合發表300+篇CNS等國際學術期刊(不完全統計),在單細胞領域,烈冰助力用戶發表單細胞文獻30+篇,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、Nature Cell Biology、Nature Plants 、Advanced Science等生物領域國際主流學術期刊,已發表文章研究領域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發生轉移機制,免疫研究、腦神經、白血病、胚胎發育、糖尿病、退行性疾病和植物領域研究等。

單細胞測序實驗再樣本細胞上機分選簽,需要對細胞數量、細胞活性進行準確判斷,這對Single Cell分選標記、建庫、下機數據的質量都具有著決定性的作用。如若細胞計數偏高,將會影響建庫的成功率;計數偏低,則會顯著提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,就會使測序數據的利用率大打折扣,因此把好單細胞懸液質量這一關尤為重要。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來對應各種不同的操作。通過已經設定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規模發現和復雜疾病研究的測序。

細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態結構的基礎上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。十二年測序經驗,烈冰生物單細胞多組學領域的佼佼者。寧波單細胞TCR測序服務

ATCG堿基的排列組合構成了測序的龐大世界。武漢ATAC測序數據分析

BD的技術不再采用利用微流控孔道射出細胞和射出的磁珠碰撞的過程,進行單細胞捕獲的技術,轉而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術。該技術用20萬+的微孔(該數量級遠大于Input細胞數量),保證單孔中的單細胞捕獲。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題,采用微孔捕獲相對會有更好的捕獲效率(來自兩家企業商業宣傳資料比對),保證Input細胞的高效使用。對于Input細胞的量更少的情況,可以基于百萬級別的細胞總量開始進行前期處理以及后期捕獲操作。 而在細胞捕獲完成后,進行細胞裂解后,同樣的也進行細胞中RNA polyA序列的抓取工作。武漢ATAC測序數據分析

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