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上海單細胞TCR測序服務機構

來源: 發布時間:2022-06-04

基于10X Next GEM技術,單細胞免疫組庫測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲5'端mRNA表達譜、TCR和BCR的信息,結合基因的表達譜和V(D)J數據進行復雜組織樣本的是影響免疫應答分析,監測免疫療法的效果,研究疾病發生、發展的分子機制。 烈冰平臺 1/ 1000+ TCR/BCR項目經驗,一次實驗可同時獲取1000-10000個細胞的文庫構建,獲得轉錄組和免疫組數據。 2/ 具備完善的免疫組庫測序和實驗質控流程,獲取V(D)J全長序列的配對信息 3/ 豐富的免疫組庫測序和數據分析經驗,實現專屬個性化數據分析服務,搭配單細胞分析云平臺,一鍵導出交互性的動態結果報告。基因測序相關產品和技術已由實驗室研究逐漸演變到臨床應用,是下一個改變世界的技術。上海單細胞TCR測序服務機構

多樣本數據合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據Mapped Barcoded Reads per Cell數量計算出來的數據利用率。如果各樣本間該參數值相差很大,需要進行Downsample處理,以數據量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深入解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!常州PanoCell單細胞測序價格烈冰開展了單細胞轉錄組、單細胞多組學以及空間轉錄組等多種產品在內的全套科研解決方案。

空間轉錄組測序與單細胞測序的結果不同,這里存在一個概念叫做Number of Spots under tissue,即,空間轉錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標準是有UMI以及有序列表達。那么這個時候,貼片的質量就成為了制約空間轉錄組有效區域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉片上,那么容易出現雖然有HE染色有組織片子,但是沒有基因表達,即無有效Spot位點。同樣的,另一個就是組織切片的大小,也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小,分析的有效區域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉錄組分析結果的基礎質量。

其實,空間轉錄組的概念早就已經存在了,目前已經發表的空間轉錄組技術有 Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確、基因和細胞檢測量的限制等問題。10x Genomics公司升級spatial Transcriptomic后推出的Visium空間基因表達解決方案是一款商業化的高精度、高通量空間轉錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內率先搭建空間轉錄組測序服務平臺,聯合上線單細胞核轉錄組測序、AbSeq、單細胞TCR-Seq、單細胞ATAC-Seq(ARCHR測序)、空間轉錄組測序產品結合scRNA-Seq服務,多組學聯合助力科研人員探索時空等多維度、多角度的動態變化的生物學信息。烈冰生物為您提供貼心的單細胞研究完整解決方案!截至2021年10月,烈冰助力發表單細胞測序文章近20篇。

基于10X Geomics 動態微流控技術,利用Tn5轉座酶酶切開放染色質,形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,揭示單細胞染色質的可及性問題,區分細胞異質性,獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區域和染色質狀態等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數千個獨特的染色質開放區域,識別細胞類型和細胞狀態;識別重要的轉錄因子,進行譜系和發育追蹤;探究驅動細胞類型和狀態之間基因表達差異的非編碼序列;探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學重要問題。南京BD單細胞測序技術支持

烈冰智造PanoCell單細胞捕獲,媲美國際主流的單細胞平臺。上海單細胞TCR測序服務機構

空間轉錄組測序的數據分析基本分為三個階段:1. 數據的預處理部分;2. Spot點陣的分群與定義;3. Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺,其結果都對后續的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode + UMI + 捕獲區域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數據過濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區域前的序列區域作為后續分析用的序列以減少分析負荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。上海單細胞TCR測序服務機構

上海烈冰生物醫藥科技有限公司是一家生物科技、醫藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業務,計算機、軟件及耗材(除專控),軟件開發【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】的公司,是一家集研發、設計、生產和銷售為一體的專業化公司。公司自創立以來,投身于單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,是醫藥健康的主力軍。烈冰生物不斷開拓創新,追求出色,以技術為先導,以產品為平臺,以應用為重點,以服務為保證,不斷為客戶創造更高價值,提供更優服務。烈冰生物始終關注自身,在風云變化的時代,對自身的建設毫不懈怠,高度的專注與執著使烈冰生物在行業的從容而自信。

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