相對于Smart-Seq技術在細胞數量上的問題,10X平臺普遍提供的細胞數量都在1000-20000不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托Random Cell Label技術,使得其對于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設備存在的Index hooping現象,相對于Smart-Seq數據來說,影響幾乎可以忽略不計(10X Genomics官方網站曾給出hooping測試結果,顯示無影響。截至2021年10月,烈冰助力發表單細胞測序文章近20篇。西安二代測序單細胞測序平臺
所謂的高通量測序技術,又名大規模平行測序,是將 DNA(或者 cDNA)隨機片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數以萬計的克隆(colony)進行延伸反應,檢測對應的信號,獲取序列信息。與傳統測序法(Sanger法等)相比,高通量測序技術在處理大規模樣品時具有明顯的優勢,又快(兩天)又多(數百萬克隆),成為目前組學研究的主要技術。單細胞測序是一個系統的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實驗過程如何規劃,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,數據如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務就已經開始了,從銷售到實驗到專業技術支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,提供從實驗設計到文章發表的全流程,我們始終是您貼心的科學合作伙伴。重慶10X Genomics單細胞測序數據分析可視化烈冰斥巨資引進Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀元。
10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術,液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um,因此捕獲細胞的直徑不能超過 40um。當細胞直徑過大時,容易出現管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于神經科學研究和心血管疾病研究的老師而言,準備采用單細胞技術用于課題研究的時候,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標細胞,例如神經元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大,不適用于 10X 單細胞技術。其中神經元細胞的直徑很大,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細胞直徑低于 50um,但是成熟心肌細胞的長度很長,有可能堵塞通道造成實驗失敗,這也是為什么現在很多已發表的心臟單細胞文章,主要研究方向是心臟發育的原因了,主要還是因為未發育成熟的心肌細胞比較小,不會出現堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網,過濾掉大細胞,避免出現管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉,丟失相關細胞數據;另外組織解離獲得高質量細胞懸液以后,繼續做細胞裂解抽細胞核,開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網給我們留言,烈小冰將安排專業技術為您詳細解答。
二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規模平行測序技術(massive parallel analysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如Illumina Solexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primer binding site,用于結合PCR引物啟動擴增反應。附加流式分選細胞表面Marker,對于較低分辨率的標志物也能有效鑒定,助力高要求測序項目。
烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據豐富的實戰經驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復雜的結果文件可視化,還是可以實現三維立體化展示的軟件。專業的生信代碼交給專業的烈冰,專業的生物學意義交給專業的您!烈冰一站式單細胞測序服務:立足科學研究,解碼生命本質。南京高通量測序單細胞測序技術支持
單細胞科聯合空間轉錄組,展示組織切片中不同區域的基因表達情況,揭示精細病理區域中“喚醒”的信號通路。西安二代測序單細胞測序平臺
單細胞測序結果動輒上百G數據量,龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數據的質控環節:單細胞測序產生數億的結果序列,不可避免的會出現低質量的測序結果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后的處理結果的準確性,為后續細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。西安二代測序單細胞測序平臺
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