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重慶10X Chromium X單細胞測序數據分析可視化

來源: 發布時間:2022-06-29

機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”;當細胞在不同狀態之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。強勢發文!烈冰單細胞測序助力揭示愈傷組織能再生的機制。重慶10X Chromium X單細胞測序數據分析可視化

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規模平行測序技術(massive parallel analysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如Illumina Solexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primer binding site,用于結合PCR引物啟動擴增反應。西安10X Genomics單細胞測序服務公司十二年測序經驗,烈冰生物單細胞多組學領域的佼佼者。

烈冰生信團隊傾情研發的NovelBrain?生信大數據分析平臺,針對龐大的單細胞測序數據,能夠實現細胞類型鑒定的快、精、準:一鍵導入gene list構建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Feature plot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調節寬、高和系數比例來調節美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現分析工具和模板的快速調用和一站式全流程自動化分析,節省工作時間并提升整體工作效率。

單細胞測序技術(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細胞的異質性、免疫微環境、發育學、免疫學以及其他領域中進行單細胞層面的數據解析,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐。BD Rhapsody單細胞分選系統為此提供了完善的硬件設備,保證了從單細胞懸液質量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的準確質控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BD Rhapsody單細胞分選系統,在實驗實施層面對單細胞測序結果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,又在另一道關鍵關卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細胞測序領域收獲更多的成果。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規模發現和復雜疾病研究的測序。

現有的單細胞測序技術陣營在幾個主要領域存在差別。一個是分隔單個細胞以在其中進行微反應的物理平臺。在這個空間,單個細胞的內容物釋放,轉錄本或其他生物分析物被標記或添加索引,以便下游識別。現有技術的另一個主要區別是如何添加索引,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細胞測序平臺采用動態微流控技(Drop-Seq具有類似的技術原理)。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。基因測序相關產品和技術已由實驗室研究逐漸演變到臨床應用,是下一個改變世界的技術。成都二代測序單細胞測序數據分析培訓班

全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。重慶10X Chromium X單細胞測序數據分析可視化

單細胞多組學帶來的突破 單細胞測序方法不但改進了實驗過程,還幫助科學家在健康和疾病研究的關鍵領域取得新進展。那些過去從轉錄平均值或單項參數讀取中無法獲得的新發現正在改變我們對傳染病、神經退行性疾病等疾病的認識。從鑒定新的細胞類型和狀態,到揭開疾病用藥應答和耐藥的潛在機制,單細胞測序正在推動突破性的研究,有望改變生物學和醫療。無論是無法解釋的疾病,還是人體或自然界中尚未探索的系統,曾經模糊的東西正變得越來越清晰。隨著我們邁向科學的未來,我們手頭的工具就像伽利略的望遠鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數,而定義科學未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的。重慶10X Chromium X單細胞測序數據分析可視化

上海烈冰生物醫藥科技有限公司致力于醫藥健康,以科技創新實現***管理的追求。公司自創立以來,投身于單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,是醫藥健康的主力軍。烈冰生物不斷開拓創新,追求出色,以技術為先導,以產品為平臺,以應用為重點,以服務為保證,不斷為客戶創造更高價值,提供更優服務。烈冰生物始終關注自身,在風云變化的時代,對自身的建設毫不懈怠,高度的專注與執著使烈冰生物在行業的從容而自信。

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