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陜西高通量測序單細胞測序服務公司

來源: 發布時間:2022-08-01

對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續各項分析,并且數據分析時以細胞聚類(cellcluster)為討論對象,而不是像常規Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數,單個樣本分別捕獲細胞時,后續分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術突破。陜西高通量測序單細胞測序服務公司

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結合PCR引物啟動擴增反應。


武漢10X Genomics單細胞測序數據分析可視化單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。

一味的追求高細胞數量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數據,在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現明顯不同。而當細胞捕獲數過多時,無論是假陰性和假陽性數據還是多細胞數據,都會對正常細胞聚類產生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數在3000-5000個時,數據量在100G左右時,可以滿足分析和文章發表的多重需求。

烈冰科技作為國內率先同時擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺的測序服務商及云計算服務供應商,經過多年實戰,擁有豐富的單細胞懸液制備和分選經驗,實測BDRhapsody對能夠高效捕獲粒細胞。針對不同的分選平臺、建庫方法,實戰總結搭建出不同的數據預處理工作流程;烈冰科技NovelBrain®生物大數據平臺能有效支撐生命科學研究、醫療健康等領域對大數據分析的需求。高通量測序實驗平臺,包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC數字切片掃描儀等,配合一支來自海內外名校、多學科交叉型的高素質綜合團隊,為您的科學研究保駕護航。全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。

烈冰科技專注為科研學者提供專注的測序數據分析服務,先后經歷基因芯片時代、基因測序、轉錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細胞測序進入發展的快車道,烈冰作為國內首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發的NovelBrain®生物大數據分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務和解決方案。4年的單細胞技術的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細胞類型,1000+靶標基因,10000+樣本處理經驗。單細胞測序技術遍地開花,烈冰服務讓您的醫學研究如虎添翼。福州單細胞測序

測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學重要問題。陜西高通量測序單細胞測序服務公司

10X Genomics單細胞轉錄組測序是利用單細胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術,也是目前國內和國際上公認的單細胞測序大規模實驗平臺技術,該平臺基于動態微流控原理,突破傳統高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態,并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質性,提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要,并有效縮短實驗是時間和降低測序成本。陜西高通量測序單細胞測序服務公司

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