基于橋式PCR技術的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區分ATCG;2)3端使用疊氮基團封閉,保證一次循環只上一個dNTP。每一輪循環結束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環數的增大會出現不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規模發現和復雜疾病研究的測序。南京空間轉錄組數據分析可視化
細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞測序結果動輒上百G數據量,龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息。南京烈冰科技空間轉錄組平臺搭建多種測序數據的生物信息分析平臺,5000+項目檢驗,真實可信賴。
單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析,可精確地描述每一個細胞的狀態,在異質性發育過程中具有不可忽視的應用價值。然而,單細胞測序無法給出固態異質化組織中細胞空間排布信息,對于揭示發育過程、病理微環境都存在很大的局限性。空間轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,可以精確指示點陣內的全部基因表達情況。空間轉錄組測序的加入,無疑讓單細胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質性。
10XVisium的實驗主要分為兩部分:組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態學信息;組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序,記錄切片的轉錄本信息和空間位置信息。具體實驗流程如下:A、切片制備和優化:取新鮮組織、冷凍、切片,并進行HE染色成像,優化確定切片是否覆蓋靶向區域。B、切片固定和透化:將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上,并進行固定和透化,使細胞中的mRNA得到釋放,并結合到相應的捕獲探針上,從而獲取基因表達信息。C、逆轉和文庫構建:以捕獲的RNA為模板,進行cDNA合成,和測序文庫制備。D、高通量上機測序:對制備好的測序文庫,進行二代高通量短讀長測序。E、數據可視化分析:結合HE結果,確定哪些基因有表達,表達量高低,以及這些基因的空間位置信息豐富的測序和數據分析經驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數據分析服務。
所謂的高通量測序技術,又名大規模平行測序,是將DNA(或者cDNA)隨機片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數以萬計的克隆(colony)進行延伸反應,檢測對應的信號并獲取序列信息。與傳統測序法相比,高通量測序技術在處理大規模樣品時具有強大的優勢,又快(兩天)又多(數百萬克隆),成為目前組學研究的主要技術。空間轉錄組測序是一個系統的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實驗過程如何規劃,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,數據如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務就已經開始了,從銷售到實驗到專業技術支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,提供從實驗設計到文章發表的全流程,我們始終是您貼心的科學合作伙伴。測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學重要問題。武漢烈冰科技空間轉錄組測序服務公司
個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。南京空間轉錄組數據分析可視化
冰凍切片的空間轉錄組測序在RNA捕獲、文庫構建方面,需要將組織切片貼合在帶有mRNA結合捕獲探針的載玻片上,通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態結構。再進行透化處理,使細胞中的mRNA釋放,并結合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉錄合成cDNA并構建測序文庫進行上機測序,從而獲取基因表達信息。總體來說,空間轉錄組的實驗流程包括:組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機測序,而需要客戶進行樣本準備的步驟相對簡單:組織凍存與OCT包埋。南京空間轉錄組數據分析可視化
上海烈冰生物醫藥科技有限公司位于江月路999號奇亞特中心22幢,交通便利,環境優美,是一家服務型企業。公司是一家有限責任公司(自然)企業,以誠信務實的創業精神、專業的管理團隊、踏實的職工隊伍,努力為廣大用戶提供***的產品。公司擁有專業的技術團隊,具有單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序等多項業務。烈冰生物自成立以來,一直堅持走正規化、專業化路線,得到了廣大客戶及社會各界的普遍認可與大力支持。