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濟(jì)南BD單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

來源: 發(fā)布時間:2022-08-12

烈冰生信團(tuán)隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團(tuán)隊和自主分析用戶實現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,節(jié)省您的工作時間并提升整體工作效率。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務(wù)。濟(jì)南BD單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細(xì)胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),每個細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,例如成熟的B,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某一疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過1萬,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時,需要考察實際組織的細(xì)胞組成。廣州高通量測序單細(xì)胞多組學(xué)測序目前已應(yīng)用的單細(xì)胞多組學(xué)聯(lián)合分析包括轉(zhuǎn)錄組和基因組,轉(zhuǎn)錄組和DNA甲基化、轉(zhuǎn)錄組和蛋白組。

基因測序是基因檢測的方法之一,其又叫基因譜測序,是國際上公認(rèn)的一種基因檢測標(biāo)準(zhǔn)。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測定,被稱為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing),足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。基因測序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實驗室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用,可以說,基因測序技術(shù)將是下一個改變世界的技術(shù)。

當(dāng)蜂巢孔內(nèi)同時落入細(xì)胞和磁珠后,接下去可以往BDCartridge板中加入細(xì)胞裂解液對細(xì)胞進(jìn)行裂解,使細(xì)胞內(nèi)的RNA與磁珠上的標(biāo)簽進(jìn)行結(jié)合,完成每個細(xì)胞內(nèi)RNA的捕獲和標(biāo)記。這時,再將捕獲了RNA的磁珠進(jìn)行回收,待所有質(zhì)控結(jié)果確認(rèn)通過后就可以進(jìn)行后續(xù)的RNA反轉(zhuǎn)錄、cDNA第二鏈合成等實驗操作。而BDCartridge板則需要再進(jìn)行一次成像,獲得磁珠收集后的掃描圖,判斷磁珠是否已經(jīng)被有效收集。根據(jù)每一步的質(zhì)控結(jié)果,烈冰科技(NovelBio)單細(xì)胞測序?qū)嶒瀳F(tuán)隊會根據(jù)單細(xì)胞分選的實驗結(jié)果生成實驗總結(jié)報告,判斷每一步驟是否通過質(zhì)控,并得到捕獲的單細(xì)胞數(shù)量以及雙細(xì)胞比例,對整個實驗進(jìn)行總結(jié)評估。若所有過程通過質(zhì)控,實驗樣本即可進(jìn)行下一步實驗操作。單細(xì)胞多組學(xué)可從整體層面快速有效地探尋疾病發(fā)生、發(fā)展的根本原因或藥物作用靶點等信息。

相對于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,10X平臺普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細(xì)胞量,這個量級的測序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托Random Cell Label技術(shù),使得其對于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,影響幾乎可以忽略不計(10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,顯示無影響。單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)是在單細(xì)胞分辨率下精確分析細(xì)胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的新技術(shù)。濟(jì)南single cell 單細(xì)胞多組學(xué)

隨著單細(xì)胞多組學(xué)的不斷進(jìn)步, 研究者將有機(jī)會在單細(xì)胞分辨率下進(jìn)一步理解個體發(fā)育以及疾病發(fā)展機(jī)制。濟(jì)南BD單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

烈冰與國內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu),1000+客戶和5000+重要科研項目,助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊(不完全統(tǒng)計),在單細(xì)胞領(lǐng)域,烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊,已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制,免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。濟(jì)南BD單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

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