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廈門BD空間轉錄組平臺

來源: 發布時間:2022-08-30

轉錄組分析指對細胞內所有轉錄產物的分析。轉錄組測序一般是對用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)進行親和純化的RNA聚合酶II轉錄生成的成熟mRNA和ncRNA進行高通量測序。相對于傳統的芯片雜交平臺,轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,提供更精確的數字化信號,是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。FFPE空間轉錄組技術原理 為同時獲得空間表達和組織學背景信息,該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。高通量測序技術是對傳統測序一次翻天覆地的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。廈門BD空間轉錄組平臺

單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的科學突破。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息,而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境,將成為發育生物學、神經生物學、免疫生物學等領域的研究利器。濟南scRNA空間轉錄組測序服務公司ATCG堿基的排列組合構成了測序的龐大世界。

空間轉錄組測序的數據分析基本分為三個階段:1.數據的預處理部分;2.Spot點陣的分群與定義;3.Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺,其結果都對后續的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數據過濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區域前的序列區域作為后續分析用的序列以減少分析負荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。

機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”;當細胞在不同狀態之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。空間轉錄組測序技術遍地開花,烈冰服務讓您的生物醫學研究如虎添翼。

基因測序是基因檢測的方法之一,其又叫基因譜測序,是國際上公認的一種基因檢測標準。高通量測序技術是對傳統測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定,被稱為下一代測序技術(nextgenerationsequencing),足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。基因測序相關產品和技術已由實驗室研究逐漸演變到臨床應用,可以說,基因測序技術將是下一個改變世界的技術。十二年測序經驗,累計服務與5000余項重要科研項目。北京BD Rhapsody空間轉錄組測序服務公司

空間轉錄組測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。廈門BD空間轉錄組平臺

空間轉錄組學(Spatial Transcriptomics)是指在組織切片上完成,保留樣本空間信息的組學研究。空間轉錄組可展示組織切片中不同區域的基因表達情況,揭示精細病理區域中激發的信號通路,完成分子特征驅動病理特征的機制解析。空間轉錄組學完成了病理數字化結合病理影像化的技術革新,對于診斷標志物、耐藥位點以及靶向藥物的研發,免疫治等新興領域都具有重要作用。當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時,通過透化處理,細胞內的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序,可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。廈門BD空間轉錄組平臺

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