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武漢烈冰科技單細胞多組學數據分析

來源: 發布時間:2022-09-10

從單細胞測序描述性分析轉向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數據集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列(包括T細胞和B細胞受體)以及用于了解表觀基因組調控的開放染色質區域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數據,研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產力、減少因批次效應引起的錯誤,并節省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間)。單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。單細胞多組學對不同組學技術產生的數據進行整合分析有助于更刻畫細胞內的基因調控狀態、揭示調控機制。武漢烈冰科技單細胞多組學數據分析

單細胞多組學測序技術是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質性和基因調控網絡的新技術,提供了全新的視角來分析細胞的分化路徑、細胞間的交互調控和細胞亞群的分離現象。轉錄組、表觀基因組、蛋白組學和代謝組學的差異賦予了組織內同樣基因組背景下的單個細胞的功能特異性。單個細胞的組學變化決定了組織的功能狀態,因此,闡明組織的細胞異質性是破譯生理功能和病理演變的關鍵。然而,以bulkRNA測序等為**的傳統方法掩蓋了細胞的異質性,細胞組學變化的平均水平。近10年來,單細胞組學技術應運而生,實現了在單細胞分辨率下研究分子的變化規律。武漢烈冰單細胞多組學平臺單細胞多組學技術基于單細胞測序技術和高通量組學方法發展而來,能在單細胞分辨率下同時整合多種組學信息。

BDRhapsody單細胞分選系統集成了熒光顯微成像系統,可以對不同熒光標記的細胞進行檢測并計數。在進行質量評估之前,首先要將細胞的培養體系更換成上機所需的Buffer。在這個過程中,需要進行多次離心、重懸操作,烈冰Novelbio單細胞實驗團隊推薦采用水平轉子離心機來進行這步操作。這種離心機可以有效減少細胞在多次更換Buffer過程中的損失,尤其是對于細胞量較少的樣本來說,顯得非常有必要。更換完Buffer之后,還需要將細胞進行過篩操作,去除較大的細胞團,獲得較為純凈的單細胞懸液。

針對單細胞測序的細胞數量判斷環節:主要是對細胞數量、基因表達量、測序質量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數據存在background值。因此,我們需要設定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10×Genomics為例,細胞數量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點,當存在多個斜率拐點的時候,結合預期UMI=500時的細胞數量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預期細胞數量非常接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數量上可以分析的數據。單細胞轉錄組技術在多個研究領域都發揮了重要的推進作用,揭示了組織中微量的細胞類型和基因表達特征。

單細胞技術讓我們在基因組學、表觀基因組學、轉錄組學和蛋白質組學等層面上解析了許多錯綜復雜的生命密碼。隨著科技的進步,我們發現整合多個組學的信息可以更仔細地觀察細胞之間的可變性,更清楚地識別特定細胞及其功能。單細胞多組學在臨床診斷、疾病分型以及細胞發展機制這些重大生命科學領域方面的應用也將越來越廣。單細胞技術從 2009 年發展到現在,研究范圍不再局限于轉錄組,而是擴展到了基因組、免疫組、表觀組、蛋白組等多組學水平。單細胞多組學測序技術是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質性和基因調控網絡的新技術。青島烈冰科技單細胞多組學測序

單細胞多組學技術可在同一細胞中捕獲分析兩種以上的組學信息,包括轉錄組、基因組、表觀基因組、蛋白組等。武漢烈冰科技單細胞多組學數據分析

如在現有研究方法基礎上,進行特定亞細胞區域的蛋白質組學、相互作用蛋白質組學以及某種特定翻譯后修飾類型的蛋白質組學的研究等。這將有助于諸多生化過程以及致病機理的全新認識與發現。隨著基于單細胞蛋白質組學質譜研究方法的不斷發展,單細胞分析方法的靈敏度、蛋白質的覆蓋度、細胞通量、空間分辨率以及多組學的兼容能力會不斷突破我們的認知極限。更重要的是,單細胞分析在臨床診斷、疾病分型以及細胞發展機制這些重大生命科學領域方面的應用將會越來越大。武漢烈冰科技單細胞多組學數據分析

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