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西安10X Genomics單細胞測序商業化服務

來源: 發布時間:2022-09-15

10XGenomics和Drop-Seq具有類似的技術原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構建文庫。烈冰測序服務已助力300余篇國際期刊研究文章發表。西安10X Genomics單細胞測序商業化服務

烈冰生物成立于2010年,與時俱進,堅持為科研學者提供國際前沿的高通量測序實驗和深度的生物信息數據分析服務,已逐步發展為單細胞多組學檢測服務****。專注于“單細胞測序系列技術服務”的專精領域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地擁有數千平辦公場所,并布局多中心產品研發生產基地和營銷、運營中心。2016年起連續被評為上海市****,60+項自主知識產權,轉化率近80%。產品覆蓋從單細胞測序,核測序,單細胞多組學,空間轉錄組測序等多組學聯合的實驗+數據分析全流程服務平臺。為600+國內高校和醫院、5000+深度合作學者用戶、10000+生命科學探索的重要科研項目在醫藥開發、科學研究、醫學及臨床研究,疾病分子標志物篩選、生命和神經發育研究等提供多層次、多組學檢測服務和解決方案,助力300+CNS國際學術期刊文章發表,30+篇單細胞技術聯合(助力)發文,IF10+文章占比>65%。西安10X單細胞測序數據分析豐富的測序和數據分析經驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數據分析服務。

單細胞測序龐大的數據烈冰生信團隊傾情研發的NovelBrain®生信大數據分析平臺,可實現零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設置參數即可運行,即使生信0基礎用戶也可以運用自如;可視化展示海量結果文件:可視化展示Cluster的基因數,UMI數量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應的細胞數量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。

從單細胞測序描述性分析轉向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數據集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列(包括T細胞和B細胞受體)以及用于了解表觀基因組調控的開放染色質區域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數據,研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產力、減少因批次效應引起的錯誤,并節省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間)。烈冰單細胞測序,助力您的深入科學探究。

針對樣本活性的問題,10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作,但也需要注意到,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數量才建議做去除死細胞的操作。基于烈冰多年單細胞測序實驗經驗,建議當細胞懸液進行質量和活性檢測后,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細胞大量死亡,可能已經丟失了原組織內的細胞比例和狀態,失真嚴重,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數據的高質量和實驗結果的準確性。全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。上海10X Chromium X單細胞測序服務機構

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多樣本數據合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據MappedBarcodedReadsperCell數量計算出來的數據利用率。如果各樣本間該參數值相差很大,需要進行Downsample處理,以數據量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!西安10X Genomics單細胞測序商業化服務

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