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南京single cell RNA單細胞多組學多組學測序

來源: 發布時間:2022-09-17

單細胞測序技術的不斷發展解決了以往群體細胞組學分析面臨的兩個瓶頸:一是大量細胞的混合測序會掩蓋細胞間的異質性;二是傳統的測序技術需要大量的細胞作為起始,細胞數目稀有的樣品則難以研究.利用單細胞測序方法不僅能夠揭示組織中的細胞類型和稀有亞群、細胞狀態和命運的變化,還可以研究細胞數稀有的珍貴樣品,從而幫助人們理解發育、衰老和疾病發展的機制。隨著單細胞轉錄組、基因組、表觀遺傳組、蛋白組等各組學測序技術的快速發展,研究者開始將它們相互組合,使得單個細胞或同類細胞的多個組學數據能夠聯合分析.因此,利用單細胞多組學技術能夠更有效地研究細胞在特定時空狀態下各組學間的復雜聯系,從而揭示細胞狀態和命運調控的分子機制。烈冰測序服務已助力300余篇國際主流期刊研究文章發表。南京single cell RNA單細胞多組學多組學測序

空間轉錄組測序的數據分析基本分為三個階段:1.數據的預處理部分;2.Spot點陣的分群與定義;3.Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺,其結果都對后續的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數據過濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區域前的序列區域作為后續分析用的序列以減少分析負荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。南京烈冰科技單細胞多組學數據分析未來,單細胞多組學測序技術的策略會繼續向轉錄組結合其他多個組學的三組學甚至四組學方向發展。

烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深入解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據豐富的實戰經驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不僅可以將海量復雜的結果文件可視化,還可以實現分析結果的三維立體化的展示呈現。專業的生信代碼交給專業的烈冰,專業的生物學意義交給專業的您!

基于橋式PCR技術的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區分ATCG;2)3端使用疊氮基團封閉,保證一次循環只上一個dNTP。每一輪循環結束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環數的增大會出現不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。利用單細胞多組學技術能夠更有效地研究細 胞在特定時空狀態下各組學間的復雜聯系。

當蜂巢孔內同時落入細胞和磁珠后,接下去可以往BDCartridge板中加入細胞裂解液對細胞進行裂解,使細胞內的RNA與磁珠上的標簽進行結合,完成每個細胞內RNA的捕獲和標記。這時,再將捕獲了RNA的磁珠進行回收,待所有質控結果確認通過后就可以進行后續的RNA反轉錄、cDNA第二鏈合成等實驗操作。而BDCartridge板則需要再進行一次成像,獲得磁珠收集后的掃描圖,判斷磁珠是否已經被有效收集。根據每一步的質控結果,烈冰科技(NovelBio)單細胞測序實驗團隊會根據單細胞分選的實驗結果生成實驗總結報告,判斷每一步驟是否通過質控,并得到捕獲的單細胞數量以及雙細胞比例,對整個實驗進行總結評估。若所有過程通過質控,實驗樣本即可進行下一步實驗操作。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務。無錫單細胞多組學技術支持

單一的轉錄本研究不能體現生命進程的變化,因此多組學聯合分析成為解析生命進程的有力工具。南京single cell RNA單細胞多組學多組學測序

單細胞測序實驗再樣本細胞上機分選簽,需要對細胞數量、細胞活性進行準確判斷,這對SingleCell分選標記、建庫、下機數據的質量都具有著決定性的作用。如若細胞計數偏高,將會影響建庫的成功率;計數偏低,則會顯著提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,就會使測序數據的利用率大打折扣,因此把好單細胞懸液質量這一關尤為重要。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來對應各種不同的操作。通過已經設定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性。南京single cell RNA單細胞多組學多組學測序

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