在發育過程或疾病發生過程中,組織內部的不同細胞經歷了復雜的生物學過程,因此,組織內部的異質性研究是目前揭示重要生物學研究的一個重要研究手段。組織內部的異質性包括細胞類型的異質性和空間位置的異質性兩個層面,細胞類型異質性可由單細胞測序來完美呈現,而空間位置的異質性,則需要可高通量地檢測全轉錄組空間信息的新型研究方法來解決。烈冰生物真正實現空間轉錄組測序的全程把控,做到從實驗設計、空間信息標記、建庫測序、定制化分析的全流程一站式服務,助力高分文章發表。空間轉錄組測序數據分析,認準烈冰NovelBrain生物信息數據分析平臺。無錫烈冰空間轉錄組測序服務公司
細胞在組織樣本中的相對空間位置關系對于了解疾病病理學非常重要。但是scRNA-Seq在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,通過記錄組織切片細胞的空間信息,捕獲組織切片中的組織學信息;通過免疫熒光進行蛋白組檢測,將基因表達譜映射回組織樣本中的原始位置,同時獲得細胞/基因的空間表達特異性。該技術可以為神經科學,發育生物學,免疫生理學等領域的研究提供組織和基因表達情況的新視角。重慶高通量測序空間轉錄組數據分析可視化烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。
10x Genomics空間轉錄組測序技術通過將組織切片的高通量mRNA分析和形態學背景整合,使基因表達譜可以被定位回它們的原始空間位置。傳統的空間轉錄組測序技術局限于冰凍組織切片。10x Genomics推出全新的針對FFPE樣本的Visium空間基因表達解決方案,該技術打破從FFPE組織樣本中獲取空間全部轉錄組基因表達信息的壁壘,能夠從FFPE樣本中獲取高靈敏度、高特異性的相關基因的表達信息,在形態學背景下實現真正的探索發現,進一步擴展空間生物學的可能性。
空間轉錄組數據可以用單細胞轉錄組數據的分析策略進行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發育時期特定空間區域內的信號通路及其關鍵基因的較大情況,揭示在特定發育時期特定區域內發生的生物學過程。針對任何一個基因,空間轉錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布;單細胞轉錄組可以給出該基因表達的細胞類群;原位測序可以給出該基因在細胞內的表達狀況。通過不同發育時間點的信息比較,可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異,給出其在細胞內的真實的演變狀況。空間轉錄組測序,上海烈冰生物科技很靠譜。
烈冰生信團隊傾情研發的NovelBrain®生信大數據分析平臺,針對龐大的單細胞測序數據,能夠實現細胞類型鑒定的快、精、準:一鍵導入genelist構建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調節寬、高和系數比例來調節美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現分析工具和模板的快速調用和一站式全流程自動化分析,節省您的工作時間并提升整體工作效率。經驗豐富的實驗團隊,為獲得示組織內真實表達水平的高質量冷凍切片提供硬件和技術保障。上海烈冰生物空間轉錄組
空間轉錄組測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。無錫烈冰空間轉錄組測序服務公司
已發表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。這些方法或是在細胞數量上限制較大,或是存在有效測序深度不足等問題。10xGenomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前一個高通量空間轉錄組的商業化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中,從而研究空間分辨率下整個轉錄組mRNA的表達情況,同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息。無錫烈冰空間轉錄組測序服務公司
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