空間轉錄組技術流程：1、組織優化由于不同物種、組織來源的樣本所需的比較好透化時間不盡相同，在正式開展空間轉錄組測序實驗前，需要利用組織優化kit進行條件的摸索。組織優化芯片上包含8個捕獲區域，每個區域均覆蓋了熒光標記探針，可捕獲mRNA形成帶有熒光標簽的cDNA，隨即可通過熒光成像結果判定比較好透化時間及組織優化條件。2、空間轉錄組測序確定組織優化條件后，即可進行切片、H&E染色及成像、空間轉錄組文庫構建及測序分析流程。空間轉錄組測序是高通量測序下的又一重大技術突破。南京上海烈冰生物空間轉錄組測序服務

解決空間轉錄組測序數據分析中由于超大數據量、超高的質控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難，做到快速可定制化完成空間轉錄組分析；擁有行業先進的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數字切片掃描儀，可以同時實現明場與熒光場下冷凍切片的快速掃描成像；Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴展多層融合掃描模式，進一步提升分辨率和清晰度，保證切片高分辨的數字圖像信息精細采集；能夠滿足針對分析結果中感興趣基因的RNA-FISH驗證以及組織切片的免疫組化的高清成像，獲取表達與定位信息。青島烈冰生物空間轉錄組多組學測序烈冰智造空間轉錄組細胞捕獲，媲美國際主流的單細胞平臺。

為同時獲得空間表達和組織學背景信息，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進行mRNA捕獲。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側探針（LHS）具有部分Read 2序列，右側探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解。組織透化后，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上。攜帶空間Barcode的探針序列用于進行測序文庫構建和測序。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上，UMI用于基因表達定量。

烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉分析工具，構建一套完整的數據分析流程；精心研發空轉結果瀏覽器，可同步展示空間轉錄組與單細胞測序分析結果，詳細深入地解析空間轉錄組數據。完成從Rawdata（原始數據）到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后，就進入了空轉的第二步，去進行Spot的Cluster的過程，熟悉單細胞測序的研究者知道，Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型，也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype（當然分情況也會有不同）。而在空轉中，也正是由于前面提到了細胞的非單一性，導致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型，而應該認為是具有相同細胞組成的點陣區域，或者說是近似的組織結構區域。空間轉錄組測序機構，請認準上海烈冰生物科技。

空間轉錄組研究的的必耍性：研究單細胞是想要探究細胞間的異質性，但是常規的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術（微孔，微板，液滴）等方法實現單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發展空問轉錄組技術實現細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態尤為必要。烈冰專精空間轉錄組測序領域。廣州烈冰科技空間轉錄組數據分析可視化

截至2021年10月，烈冰助力發表空間轉錄組測序文章近20篇。南京上海烈冰生物空間轉錄組測序服務

空間轉錄組測序的數據質量和玻片有效區域的利用率、貼片的質量和透化時間息息相關。貼片質量不良會影響總的有效spot數等；而透化不合理會導致spot的reads數、基因中位數等參數。而在特異性基因表達方面，我們也可以統計空間轉錄組群體的特異性基因表達即Markergene，將他們在組織切片以及空轉上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數據庫中的一些細胞Marker，然后將其在基因表達在空間轉錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解，群體中的可能的細胞組成關系。南京上海烈冰生物空間轉錄組測序服務

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