TMB**突變負(fù)荷**突變負(fù)荷（TMB）作為免疫療法的生物標(biāo)志物，能夠較好的預(yù)測(cè)患者免疫***的療效。基于**突變負(fù)荷，可以從一種新的角度探尋基因跟免疫及預(yù)后的關(guān)系。一般應(yīng)用場(chǎng)景：基于TMB預(yù)測(cè)不同性狀的免疫***療效、不同基因表達(dá)或突變對(duì)免疫***潛在的影響。基本原理：**突變負(fù)荷(TumorMutationBurden，TMB)，通常被定義為一份**樣本中，所評(píng)估基因的外顯子編碼區(qū)每兆堿基中發(fā)生置換和插入/缺失突變的總數(shù)。近年許多研究都報(bào)道了TMB與PD-1/PD-L1抑制劑的療效高度相關(guān)，同時(shí)基于TMB進(jìn)行的臨床研究都得到了較好的結(jié)果。這讓一些**患者可以通過(guò)TMB標(biāo)志物對(duì)免疫療法的療效進(jìn)行一定程度的預(yù)測(cè)。結(jié)合TMB，可以從免疫***角度探尋關(guān)鍵基因、探究不同亞型**存在的不同發(fā)病機(jī)制。數(shù)據(jù)要求：基因突變數(shù)據(jù)，臨床或其他分類數(shù)據(jù)。 云生物數(shù)據(jù)分析需要多久？四川診療軟件開(kāi)發(fā)數(shù)據(jù)科學(xué)口碑推薦

數(shù)據(jù)要求：RNA-seq和ChIP-seq等數(shù)據(jù)。應(yīng)用示例：文獻(xiàn)1：Genomic landscape and evolution of metastatic chromophobe renal cell carcinoma.（于2017年6月發(fā)表在JCI Insight.，影響因子6.041）。本文對(duì)轉(zhuǎn)移性腎嫌色細(xì)胞*進(jìn)行了系統(tǒng)的基因組研究，文中繪制基因流覽圖對(duì)整個(gè)基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行了可視化。轉(zhuǎn)移性腎嫌色細(xì)胞*的基因組景觀和演化。 上海數(shù)據(jù)科學(xué)歡迎咨詢軟硬件配套，完成數(shù)據(jù)收集、整理、檢索、分析與智能化開(kāi)發(fā)工作。

    **初目的：對(duì)手上的**樣本（或病人）進(jìn)行分型分析，期望找到不同的亞型，并對(duì)應(yīng)不同的臨床特征。可擴(kuò)展應(yīng)用到：所有樣本的亞型分析，用于樣本的特征分析。數(shù)據(jù)可用轉(zhuǎn)錄組、基因組、甲基化、蛋白質(zhì)組等。輸入數(shù)據(jù)格式：一個(gè)數(shù)值矩陣，行是基因或者其他特征，列是樣本。本分析要求樣本數(shù)要多，有利于亞型的分析。參考文獻(xiàn)：(2):：本文利用室管膜瘤病人的甲基化數(shù)據(jù)，首先進(jìn)行了tSNE分型，隨后又采用了新的方法spectralclustering進(jìn)行分類分析，作者比較了兩種分類方法。使用spectralclustering的分類，鑒定了每一種**亞型的特異性表達(dá)模式。并且發(fā)現(xiàn)spectralclustering的分類和病人的臨床特征有關(guān)，從而提出一種新的室管膜瘤亞型，可用于臨床的篩選和檢測(cè)。

    survivalCurve生存分析生存分析（survivalCurve）旨在更好地分析對(duì)不同因素對(duì)患者預(yù)后的影響，從而找到影響患者疾病的關(guān)鍵因素。生存曲線（Kaplan-Meier曲線）是生存分析的基本步驟，展示分類樣本的生存曲線，從而揭示不同因素對(duì)疾病預(yù)后的影響。一般可應(yīng)用的研究方向有：患者的生存期跟基因變異的關(guān)系、藥物處理導(dǎo)致模式動(dòng)物生存期變化。基本原理Kaplan-Meier法，直接用概率乘法定理估計(jì)生存率，故稱乘積極限法（product-limitmethod），是一種非參數(shù)法。相比其他方法，KM曲線能更好的處理刪失數(shù)據(jù)。先將樣本生存時(shí)間從小到大排列。若遇到非刪失值和刪失值相同時(shí)，非截刪失****。在生存時(shí)間后列出與時(shí)間相應(yīng)的死亡人數(shù)，期初病例數(shù)（即生存期為某時(shí)間時(shí)尚存活的病例數(shù)）。然后計(jì)算活過(guò)每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的生存率。以生存時(shí)間為橫坐標(biāo)，生存率為縱坐標(biāo)所作的曲線，即為Kaplan-Meier曲線。術(shù)語(yǔ)解釋風(fēng)險(xiǎn)比（HazardRatio,HR）：Kaplan-Meier方法中計(jì)算的風(fēng)險(xiǎn)比HR為兩分組對(duì)生存期影響的比例，用來(lái)描述該基因高表達(dá)對(duì)生存期的危險(xiǎn)程度。該方法中的假設(shè)檢驗(yàn)為兩組中樣本的生存期是否存在差異，即該因素是否會(huì)導(dǎo)致生存期的改變。刪失（censored）：在生存分析中。 生存曲線分隔，在展示基因表達(dá)水平對(duì)生存期的影響時(shí)找到分組。

    GeneInteraction基因互作：基因相互作用指miRNA、lncRNA、circRNA或其它RNA介導(dǎo)DNA轉(zhuǎn)錄，從而影響mRNA的表達(dá)過(guò)程。通俗意義上來(lái)說(shuō)，基因互作關(guān)系指基于序列預(yù)測(cè)的靶基因?qū)ΑiRNA通過(guò)與靶mRNA的結(jié)合，或促使mRNA降解，或阻礙其翻譯，從而***目的基因的表達(dá)。競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA網(wǎng)絡(luò)是靶基因預(yù)測(cè)的研究深入，簡(jiǎn)稱ceRNA網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)進(jìn)行ceRNA網(wǎng)絡(luò)的分析，我們能從一個(gè)更為宏觀的角度來(lái)解釋轉(zhuǎn)錄體如何構(gòu)建基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，從而進(jìn)一步挖掘基因在其中的調(diào)控機(jī)制。基本原理：miRNA主要通過(guò)與靶基因的非翻譯區(qū)（UTR）結(jié)合而發(fā)揮其作用，對(duì)miRNA和mRNA、lncRNA、circRNA結(jié)合進(jìn)行的預(yù)測(cè)稱為靶基因預(yù)測(cè)。靶基因預(yù)測(cè)使用軟件根據(jù)miRNA和靶基因間的結(jié)合的規(guī)律預(yù)測(cè)結(jié)合基因?qū)ΑＴ谏矬w內(nèi)，miRNA可以通過(guò)與proteincoding特異性結(jié)合，影響相關(guān)基因的表達(dá)，從而參與調(diào)控細(xì)胞內(nèi)的各項(xiàng)功能。ceRNA具有miRNA結(jié)合位點(diǎn)，能后競(jìng)爭(zhēng)性地結(jié)合miRNA，***miRNA對(duì)靶基因的調(diào)控。例如lncRNA與miRNA競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合，影響miRNA調(diào)控mRNA的過(guò)程，**終導(dǎo)致的mRNA表達(dá)失調(diào)。我們使用基于序列預(yù)測(cè)的軟件對(duì)差異分析得到的miRNA與mRNA，lncRNA，circRNA進(jìn)行靶點(diǎn)預(yù)測(cè)和ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析。 構(gòu)建新的臨床預(yù)測(cè)模型。湖北數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)數(shù)據(jù)科學(xué)售后服務(wù)

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    GSVA（基因集變異分析，反映了樣本和感興趣的通路之間的聯(lián)系）：GSVA全名Genesetvariationanalysis（基因集變異分析），是一種非參數(shù)，無(wú)監(jiān)督的算法。與GSEA不同，GSVA不需要預(yù)先對(duì)樣本進(jìn)行分組，可以計(jì)算每個(gè)樣本中特定基因集的富集分?jǐn)?shù)。換而言之，GSVA轉(zhuǎn)化了基因表達(dá)數(shù)據(jù)，從單個(gè)基因作為特征的表達(dá)矩陣，轉(zhuǎn)化為特定基因集作為特征的表達(dá)矩陣。GSVA對(duì)基因富集結(jié)果進(jìn)行了量化，可以更方便地進(jìn)行后續(xù)統(tǒng)計(jì)分析。如果用limma包做差異表達(dá)分析可以尋找樣本間差異表達(dá)的基因，同樣地，使用limma包對(duì)GSVA的結(jié)果（依然是一個(gè)矩陣）做同樣的分析，則可以尋找樣本間有***差異的基因集。這些“差異表達(dá)”的基因集，相對(duì)于基因而言，更加具有生物學(xué)意義，更具有可解釋性，可以進(jìn)一步用于**subtype的分型等等與生物學(xué)意義結(jié)合密切的探究。 四川診療軟件開(kāi)發(fā)數(shù)據(jù)科學(xué)口碑推薦