cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間不能凍融。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰。四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時，進行血漿分離步驟。五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機，也可以在室溫條件下進行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的。重慶6mA技術服務服務

    WGBS送樣要求一、送樣類型基因組DNA、細胞、全血、動植物組織、FFPE二、保存方式1、基因組DNA、細胞、全血、動植物組織：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間避免反復凍融。2、FFPE樣本：室溫保存三、運輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運輸；2、細胞、全血、組織樣本：干冰運輸，順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE樣本：室溫運輸。四、樣本量要求1、基因組DNA：常規WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供樣本DNA完整性質檢結果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測濃度，基于OD值的檢測方法，例如NanoDrop,會嚴重高估濃度。2、細胞樣本：常規WGBS，不少于5x10*6個細胞；微量WGBS，5000個細胞1）收集貼壁或者懸浮細胞、使用預冷的1×PBS，洗滌2次，600g離心5分鐘；2）***一次離心后，盡量去除上清PBS，保留細胞沉淀;3、全血樣本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。4、動植物組織：動物組織，30mg以上;植物組織，不同組織。 重慶Chip-seq技術服務專業服務焦磷酸測序能提供基于序列測定的SNP檢測、等位基因頻率分析和甲基化檢測。

    重亞硫酸鹽處理結合測序是目前檢測甲基化的金標準。除了全基因組甲基化測序技術等研究手段，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對性的技術方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目，具有更快速的實驗周期及低成本優勢。技術優勢高效靈活的目標區域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結合，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學方案設計從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數據分析每個項目有特定的科學問題；需要專業、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保障高質量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個區域/位點)；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>。

DNA甲基化異常用于甲狀腺結節診斷

Identification of

Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin

Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=

10.199)

惡性結節和良性結節常常難以診斷。本課題通過RRBS檢測了109個甲狀腺組織的DNA甲基化，發現*旁、良性結節和*組織之間存在***差異，并在65個甲狀腺結節的回顧性隊列樣本中得到驗證。這些組織特異性DMR與活性增強子和**相關基因密切相關，表明DNA甲基化為甲狀腺結節提供準確的診斷。 焦磷酸測序技術服務基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺。

    芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具，已經在很多領域有了相應的應用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應的產品提供，其中應用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺，相應的產品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經停產。不同的芯片平臺，各自的實驗過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術。將基因組DNA分成兩份，一份用來做MeDIP，另一份作為對照。兩個樣品都標記熒光(富集的樣品用Cy5標記，對照用Cy3標記)，然后與芯片雜交。芯片上每個探針的Cy5/Cy3強度比例顯示出該區域的甲基化程度。 DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇。RIP-seq技術服務服務

WGBS和RRBS都是金標準技術, CNS發表文章都很多，廣發被接受。重慶6mA技術服務服務

DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇，已經越來越受到研究者的關注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯合作用機制、RNA干擾機制及去甲基化機制的發現，使得DNA甲基化研究受到***關注，從醫學領域擴展到動植物研究當中，同時在研究方法上也取得了很大的突破。現在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術進行分析比較，以便于在實際的科研工作中進行選擇。重慶6mA技術服務服務