上皮型鈣黏附素(E-cadherin)是介導細胞間粘附的一種跨膜糖蛋白,其編碼基因CDH-1屬于**侵襲轉移抑制基因。在**組織中,E-cadherin表達的下調或沉默可導致細胞間相互黏附力減弱,造成**細胞的分散,脫離原發灶處而轉移。而E-cadherin下調的因素之一就是其啟動子區域CpG島的超甲基化。**細胞突破血管內皮及基底膜進入血循環是**細胞侵襲和轉移的重要步驟。基底膜組成蛋白Nidogen的缺失將嚴重影響基底膜的完整性,有利于**細胞順利通過進入血循環進而發生侵襲轉移。有研究表明,Nidogen基因啟動子在**細胞中表現出很高的甲基化水平,而在正常細胞中卻極少或沒有發生甲基化。另外,某些miRNA(如MiR-148a、miR-34b/c、miR-9)能夠起到抑制**細胞生長和轉移的作用,而在**細胞中,這些miRNA通常由于發生超甲基化而沉默。中小樣本篩選, 大樣本中進一步驗證。四川oxBSDNA甲基化口碑推薦
相比之下,VeraCode GoldenGate甲基化分析技術更適合中通量的篩選及驗證研究,它以以矩陣微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM))形式分析48至384個用戶指定的CpG位點。首先,將亞硫酸氫鹽處理的基因組DNA 與分析oligo混合,oligo與未甲基化位點的U互補,或者與甲基化位點的C互補。雜交之后,引物延伸,并連接上位點特異的oligo來產生通用 PCR的模板。***,用標記的PCR引物生成可檢測的產物。據Illumina的產品**介紹,其產品的**優勢在于單個CpG位點的分辨率。其它分析將甲基化定位在一段區域,而通過Illumina分析,你能精確測定某個CpG位點的甲基化水平。山東oxBSDNA甲基化經驗豐富甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環。
甲基化DNA免疫沉淀測序(MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,MeDIP-Seq)是通過5mC特異性抗體富集甲基化的DN**段,然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數據量,快速、高效地尋找甲基化區域。可廣泛應用于甲基化與疾病關系研究。樣本要求:基因組DNA:>=3ug;樣品濃度>50ng/ul;無RNA和蛋白污染,建庫測序:測序策略:IlluminaHiSeq,PE150;測序深度:20-30Mreads。信息分析:基于全基因組范圍的羥甲基化分析,數據質控,Peak鋒Calling,Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布,多樣本羥甲基化差異聚類,差異羥甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析,結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘。
miRNA的超甲基化:**細胞另一個重要的特點是miRNA表達水平的整體下降,通常也是由于miRNA啟動子區域高甲基化造成的。這種miRNA表達失活不僅與**的發***展有關,而且與**的轉移密切相關。如**細胞中miR-148a、miR-34b/c、miR-9這三種miRNA都發生了明顯得超甲基化,同時外源表達這三種miRNA均可抑制**細胞的生長和轉移。**發生是一個涉及多基因、多步驟的復雜過程,越來越多的研究表明DNA甲基化在**的發生、發展、轉移中起到了重要的作用,特征性甲基化位點對于**的診斷、分型、預后及***具有重要意義。全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。
industryTemplate細胞、全血、組織樣本干冰運輸。山東oxBSDNA甲基化經驗豐富
焦磷酸測序能提供雜合子缺失及細菌和病毒分型等技術服務。四川oxBSDNA甲基化口碑推薦
WGBS:科學方案設計:從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;科學、縝密的設計及時高效的溝通;以保障高質量研究成果。樣本要求:基因組DNA:>=3ug;樣品濃度>30ng/ul;無RNA和蛋白污染建庫測序:測序策略:IlluminaHiSeq,PE150;測序深度:>=30X。信息分析:基于全基因組范圍的甲基化分析,數據質控,5mCCalling,5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布,多樣本甲基化差異聚類,差異甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析,結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘。四川oxBSDNA甲基化口碑推薦