線粒體和葉綠體的基因組與細菌基因組具有明顯的相似性，線粒體和葉綠體具有細菌基因組的典型特征。它們均為單條環狀雙鏈DNA分子，不含5-甲基胞嗨睫，無組蛋白結合并能進行**的復制和轉錄。此外，在堿基比例、核背酸序列和基因結構特征等方面，線粒體和葉綠體基因組也與細胞核基因組表現出***差異，而與原核生物極為相似。同時，線粒體和葉綠體具有自身的DNA聚合酶及RNA聚合酶，能**復制和轉錄。線粒體和葉綠體具備**、完整的蛋白質合成系統。線粒體和葉綠體的蛋白質合成機制類似于細菌，而有別于真核生物。例如，與細菌一樣，線粒體和葉綠體中蛋白質的合成從N-甲酰甲硫氨酸開始，而真核細胞中蛋白質的合成從甲硫氨酸開始；線粒體和葉綠體的核糖體較小于真核生物80S核糖體；線粒體、葉綠體和原核生物的核糖體中只有5SrRNA,而不少真核細胞的核糖體中存在SrRNA；線粒體RNA聚合酶可被原核細胞RNA聚合酶的***劑（如利福霉素）所***，但不被真核細胞RNA聚合酶的***劑（如放線菌素D）所***等。 云生物提供小基因組測序建庫流程。山東植物葉綠體基因組小基因組測序活動

    三種五味子科葉綠體基因組編碼113個獨特基因，包括79個蛋白質編碼基因，30個tRNA基因和4個rRNA基因。其中，4個蛋白質編碼基因，4個rRNA基因和5個tRNA基因在IR區域中重復；18個基因含有內含子，clpP和ycf3含有兩個內含子；rps12中存在反式剪接，其中5'末端位于LSC區域中，并且重復的3'末端位于IR區域中；matK基因trnK-UUU內部。SSR是葉綠體基因組中經常觀察到的1-6bp重復類型，可用于基因組多態性以及物種的群體遺傳學研究。研究人員鑒定到**豐富的SSR是A或T單核苷酸重復序列，分別占南五味子、五味子和八角茴香總SSR的約％，％和69％，而G或C重復罕見。此外，南五味子、五味子和八角茴香SSR的大多數SSR位于LSC區域，其次是SSC區域和IR區域。 山東植物葉綠體基因組小基因組測序活動96%以上樣本實現完成圖水平交付。

    InDel檢測及注釋：InDel是DNA序列的插入（Insertion）和缺失（Deletion）現象的總稱，狹義的InDel表示1~10bp的短InDel。在基因組編碼區域，InDel的發生可能會引起移碼突變、氨基酸改變、假基因的出現等等現象。這里分析的是狹義的InDel。利用LASTZ軟件將樣品和參考序列進行比對，檢測得到初步InDel結果。然后取參考序列InDel位點上下游150bp與樣品的測序reads用BWA軟件及SAMtools進行比對驗證，過濾得到可靠的InDel。SV檢測：基因組結構變異（SV，StructuralVariation）通常是指基因組內DN**段缺失、插入、重復、倒位、異位。使用MUMmer軟件對目標基因組和參考基因組進行比對，再使用LASTZ對區域間進行比對，從區域比對結果中查找SV。

    葉綠體基因組楝科植物葉綠體揭示物種進化遺傳標記：以無患子科Acerbuergerianum為外群的系統發育樹顯示4種新的楝科是印度楝（Azadirachtaindica）的單系姊妹進化枝。在這個分支內，Cedrelaodorata和Entandrophragmacylindricum聚類在一起，Khayasenegalensis和Carapaguianensis聚類到一起。那么楝科葉綠體基因組標簽區（BarcodingRegion）存在哪些潛在的特異性cpDNA變異？這些變異有何意義？文章選取了五種楝科植物和五種非楝科物種（無患子目和薔薇亞綱）cpDNA的matK基因（cpDNA保守基因之一，用于遺傳條碼）進行比較分析，旨在鑒定潛在的楝科。鑒定了16個SNP位置，其中五個楝科個體顯示相同的核苷酸，其與相同位置的非楝科物種的核苷酸不同。在從GenBank下載的100個楝科物種的matK基因，序列多重比對進一步分析這16個SNP位置。其中三個SNP位于matK基因的3’-末端，編碼C-末端與線粒體II內含子的結構域X同源的結構域，并且與N-末端區域相比具有更高的堿性氨基酸。潛在的楝科特異性SNP的進一步驗證對木材或木制品的分類學差異具有很大意義。 采用二代Illumina Hiseq結合三代PacBio測序技術對樣本DNA進行基因組測序。

    植物葉綠體介紹：葉綠體（chloroplast，cpDNA）是藻類和植物體綠色細胞中存在的有色質體，雖然受限于核基因組，但擁有自身的遺傳物質和遺傳體系，是一種半自主細胞器。葉綠體參與細胞分化、細胞信息傳遞和細胞凋亡等過程。隨著高通量測序技術的快速發展，利用葉綠體來研究細胞器的起源、結構、進化正受到越來越廣泛的關注。云生物負責對每一個樣本的葉綠體DNA(cpDNA)進行富集及抽提，有自主研發的細胞器提取技術，提取經驗豐富。有專業團隊負責跟進每一個項目，從細胞器DNA制備、Hiseq建庫及測序、后續生物信息分析，直至為客戶提供滿意的結果。為了獲得高質量的葉綠體基因組完成圖，推薦結合Pacbio三代測序。我們的優勢：1.項目經驗豐富，已經完成及在線的葉綠體已逾100個；2.組裝經驗豐富，提供極高質量的葉綠體基因組完成圖，超過98%的樣品組裝到完成圖水平；3.各種個性化分析，致力于滿足老師的各種分析需求。 小基因組測序用什么平臺？山東植物葉綠體基因組小基因組測序活動

云生物提供小基因組測序周期多久？山東植物葉綠體基因組小基因組測序活動

    葉綠體基因組楝科植物葉綠體揭示物種進化遺傳標記：葉綠體基因組（cpDNA）在大多數種子植物中是母系遺傳，與核基因組相比，cpDNA顯示出致密的基因含量和較慢的進化速率。楝科（Meliaceae）屬于薔薇亞綱無患子目，主要由***分布在熱帶地區得喬木和灌木組成。楝科植物具有極高的經濟價值，應用葉綠體基因組開發木材種屬鑒定的遺傳標記具有很大的研究價值。對Cedrelaodorata，Entandrophragmacylindricum，Khayasenegalensis和Carapaguianensi四種楝科的葉綠體基因組進行測序組裝，cpDNA呈環狀，大小在158,558~160,737bp之間，典型的四分體結構，即由兩個反向重復序列組成（IRa和IRb），分別由大（LSC）和小（SSC）單拷貝區分開。四個新測序的楝科植物的每個cpDNA中，注釋了112個基因（包括78個蛋白質編碼，30個tRNA和4個rRNA基因），其中18個在IR區域中重復，總共編碼85種蛋白質，37種tRNA和8種rRNA共130種基因。內含子大小范圍從trnL-UAA的532bp到trnK-UUU的2535bp。rps12基因存在反式剪接。 山東植物葉綠體基因組小基因組測序活動