探普生物對樣本進行宏病毒組測序實驗基于二代測序技術。經過核酸純化-文庫構建-生物信息學分析這3大基本流程后,樣本轉換成了序列數據。先,在核酸純化環節,探普提供專門針對病毒的核酸純化樣本指南,以提高純度和得率,與此同時探普生物也提供核酸純化服務。第二,文庫構建環節。樣本的核酸具備濃度低,總量少的特點。探普生物專門針對這一點開發了超微量核酸文庫構建,可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構建成測序文庫。第三,生物信息學分析環節。寄生性質的生物下機數據一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數據。探普生物基于該特點,優化了自有數據庫,搭載了的生物信息學分析流程,可處理復雜背景下的目標物種序列。未知病原微生物樣本需要經歷:核酸純化-文庫構建-以及生物信息學分析這三大基本流程才能完成鑒定。北京皮膚微生物多樣性測序分析
在政策促進下,未來3—5年內,我國將在醫藥、保養短缺地區建設一批高水平臨床醫治中心、高層次的人才培養基地和高水平的科研創新與轉化平臺,培育一批品牌優勢明顯、跨區域提供高水平服務的集團。根據病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定相關領域極新技術發展趨勢,《2019年本》在鼓勵類條目中新增了新型技術開發和應用的有關內容。例如,在化學原料藥領域增加了“連續反應”等技術,在技術領域增加了“基因醫治”和“抗體偶聯”等技術,在藥用包裝材料領域增加了“中性硼硅藥用玻璃”等新型材料與技術的開發應用,在醫藥領域增加了“人工智能輔助醫藥設備”等新技術內容。成都口腔微生物多樣性測序檢測DNA宏基因組測序的病原檢出率均高于培養等傳統方法。
病原宏基因組測序(mNGS)可與實時熒光定量PCR(RT-PCR)技術聯合使用,實現優勢互補。“RT-PCR由于其檢測速度快、操作流程簡單、成本較低的原因,更適用于大規模的篩查中,以便快速獲得是否為核酸陽性的初步證據,而對于RT-PCR檢測陰性、但臨床表型高度疑似的患者,利用mNGS進一步確認可有效提高檢測結果的可靠性,并獲得是否有其他病原體傳染的信息。”對于RT-PCR檢測陽性的樣本,也可以進一步利用mNGS進行病毒全序列的分析,從而幫助獲得病毒是否發生變異的信息,為疫苗、藥物研發等方面提供可靠證據。
用二代測序對樣本進行宏病毒組測序有哪些挑戰?二代測序技術基本流程是核酸純化-文庫構建-生物信息學分析。用二代測序對樣本進行宏病毒組測序,每一步都是很大的挑戰。無論是來自腸道還是水體或者土壤,樣本都會伴隨基因組數倍于病毒的細菌和宿主細胞。為了提高數據有效利用率,首先,樣本處理和核酸純化需要有的放矢。文庫構建時,由于病毒基因組核酸存在多種可能,建庫成本的把控、文庫保真度、建庫成功率對于生產者和研究者都是極大的挑戰。而生信分析,由于病毒并不像細菌一樣研究透徹,具備龐大的數據庫,目前國內外的分析水平也是參差不齊。可利用不同底物產生的不同代謝產物來間接檢測該微生物內酶的有無,來達到檢測特定微生物的目的。
病毒宏基因組測序可直接對樣本中的核酸進行高通量測序,鑒定樣本中可能存在的病原菌,輔助臨床決策。覆蓋細菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物;同時進行耐藥基因檢測,涵蓋266種耐藥菌,2984種抗性基因。宏基因組測序在新發腹瀉病毒鑒定中的應用:發現和鑒定新病毒以及確定新病毒與疾病的關系是預防、診斷和新發病毒性傳染病的首要任務。高通量測序技術突破了傳統技術方法的局限,可以直接以標本中所有的遺傳物質為研究對象,從而能夠快速地鑒定出標本中存在的病毒,形成了一門研究特定環境中病毒群落的新興學科:病毒宏基因組學(宏病毒組)。探普生物的研發團隊都是來自全國各地病毒學、微生物學專業高校的。長沙皮膚微生物多樣性分析原理
高通量測序技術對核酸進行測序是非特異的,因此,對一無所知的核酸也可以實現鑒別。北京皮膚微生物多樣性測序分析
病原微生物二代測序,也稱宏基因組測序(mNGS)是目前臨床上針對病原較常用的基因測序方法。通過對疑似傳染標本采集提取后(無需培養)直接進行高通量測序,利用病原微生物數據庫比對和分析后可以獲得疑似致病微生物種屬信息。基于NGS的宏基因組學檢測技術在2014年被用于臨床傳染患者的病原學診斷。目前,多個省市已經將病原微生物二代測序納入醫保報銷,助力檢測!目前,國家微生物科學數據中心數據資源總量已超過300TB,數據記錄數超過了40億條。可用于臨床的微生物數據庫包括了超過18000條信息。北京皮膚微生物多樣性測序分析